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Visualiseur de modèles moléculaires 3D
En bref : visualiseur 3D de molécules : cherchez une molécule par nom, SMILES ou CID PubChem et faites pivoter un modèle boules et bâtonnets, compact, bâtonnets ou fil de fer aux couleurs CPK. Il est gratuit, fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.
Recherchez n'importe quelle molécule par nom, SMILES ou CID PubChem et explorez-la sous forme de modèle 3D interactif, comme une boîte de modèles moléculaires virtuelle. Vous pouvez passer du modèle boules et bâtonnets au modèle compact, bâtonnets ou fil de fer, afficher ou masquer les étiquettes et les hydrogènes, et enregistrer un PNG.
Faites glisser pour pivoter, pincez ou faites défiler pour zoomer, glissez à deux doigts pour déplacer.
SMILES :
Les styles de modèles moléculaires expliqués
| Modèle | Ce qu'il montre | Idéal pour |
|---|---|---|
| Boules et bâtonnets | Atomes en petites sphères, liaisons en bâtonnets | Angles de liaison, géométrie et connectivité (boîtes de modèles moléculaires utilisées en cours) |
| Compact (CPK) | Atomes à leur rayon de van der Waals | Taille et forme réelles, encombrement stérique, empilement des molécules |
| Bâtonnets | Liaisons seules, colorées selon l'atome | Grosses molécules, conformations |
| Fil de fer | Traits fins pour les liaisons | Grandes structures, rotation rapide |
Couleurs CPK
Les atomes sont colorés selon le code CPK standard (Jmol) : carbone gris, hydrogène blanc, oxygène rouge, azote bleu, soufre jaune, phosphore orange, chlore vert, brome rouge foncé et iode violet.
Les coordonnées 3D proviennent des conformères calculés par PubChem, affichés avec 3Dmol.js. Pour vos propres SMILES avec export en SDF, PDB ou XYZ, utilisez le convertisseur SMILES en structure 3D. Pour les protéines et les entrées PDB, utilisez le visualiseur de protéines.
Vous dessinez des structures pour vos cours ? MolDraw est un éditeur de structures chimiques en ligne gratuit pour les molécules, les réactions et les schémas de laboratoire.
Ouvrir l'éditeur MolDrawQuestions fréquentes
Qu'est-ce qu'un modèle boules et bâtonnets ?
Un modèle boules et bâtonnets représente les atomes par des sphères colorées et les liaisons par des bâtonnets. Il permet de bien voir les angles de liaison et la géométrie moléculaire, par exemple l'angle de 104,5° de l'eau ou la forme tétraédrique du méthane.
Quelle est la différence entre un modèle boules et bâtonnets et un modèle compact ?
Le modèle boules et bâtonnets réduit la taille des atomes pour montrer les liaisons et les angles. Un modèle compact (CPK) dessine chaque atome à son rayon de van der Waals : il montre la taille et la forme réelles de la molécule mais masque les liaisons.
Que signifient les couleurs d'un modèle moléculaire ?
La plupart des modèles utilisent les couleurs CPK : le carbone est gris ou noir, l'hydrogène blanc, l'oxygène rouge, l'azote bleu, le soufre jaune, le chlore vert et le phosphore orange.
Comment visualiser une molécule en 3D ?
Saisissez son nom anglais (par ex. caffeine), une chaîne SMILES ou un CID PubChem et cliquez sur Afficher le modèle 3D. Faites glisser pour pivoter, pincez pour zoomer, et passez du modèle boules et bâtonnets au modèle compact, bâtonnets ou fil de fer.
D'où proviennent les structures 3D ?
Des conformères 3D calculés par PubChem. Certains sels, complexes métalliques et très grosses molécules n'ont pas de conformère 3D : une représentation 2D est alors affichée.
Puis-je construire ma propre molécule ?
Oui. Utilisez l'outil Construire une molécule pour assembler des atomes comme avec une boîte de modèles moléculaires, ou dessinez n'importe quelle structure dans l'éditeur MolDraw et affichez-la en 3D.
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