Visualiseur de protéines

En bref : chargez un fichier PDB par identifiant ou depuis un fichier, examinez les séquences d'acides aminés, appliquez un style à chaque chaîne et aux régions sélectionnées de la séquence. C'est gratuit, cela fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.

Chargez des protéines par identifiant PDB ou envoyez un fichier `.pdb`, examinez la séquence d'acides aminés, stylisez chaque chaîne et faites un clic droit sur une région sélectionnée de la séquence pour la restyler ou la masquer.

Explorer une structure de protéine

La Protein Data Bank (PDB) rassemble les structures 3D déterminées expérimentalement de protéines, d'acides nucléiques et de leurs complexes. Chaque entrée possède un identifiant à quatre caractères, par exemple 1CRN pour la crambine, une petite protéine végétale souvent utilisée en exemple, ou 4HHB pour la désoxyhémoglobine humaine.

Choisir un style d'affichage

• Ruban : montre la structure secondaire, avec les hélices en rubans ou en spirales et les brins β en flèches. Idéal pour voir le repliement global.
• Bâtonnets : montre chaque liaison. Idéal pour les chaînes latérales, les ligands et les sites actifs.
• Sphères : atomes en modèle compact qui montrent la forme et l'empilement.
• Fil de fer : représentation légère, utile pour les grandes structures.

Travailler avec les chaînes et les séquences

De nombreuses structures contiennent plusieurs chaînes, par exemple les deux chaînes α et les deux chaînes β de l'hémoglobine. Donnez un style différent à chaque chaîne pour voir comment elles s'assemblent. Sélectionner une portion de la séquence d'acides aminés et la restyler est un moyen rapide de mettre en évidence une boucle de liaison ou un site de mutation pour une figure.

Astuce : exportez en PNG pour les diapositives, ou en PDB/XYZ/OBJ si vous avez besoin des coordonnées ou d'un maillage dans un autre logiciel. Pour transformer un ligand lié en SMILES, voir PDB en SMILES.