3D分子模型ビューア
概要：3D分子ビューアです。名前、SMILES、PubChem CIDで分子を検索し、CPK配色の球棒・空間充填・スティック・ワイヤーフレームの分子模型を回転できます。無料でWebブラウザ上で動作し、インストールは不要です。
名前、SMILES、PubChem CIDで分子を検索し、仮想の分子模型キットのようにインタラクティブな3Dモデルで観察できます。球棒・空間充填・スティック・ワイヤーフレームの切り替え、ラベルや水素の表示・非表示、PNGでの保存ができます。
ドラッグで回転、ピンチまたはスクロールでズーム、2本指ドラッグで移動します。
SMILES：
分子模型の種類の説明
| モデル | 表示内容 | 適した用途 |
|---|---|---|
| 球棒モデル | 原子を小さな球、結合を棒で表示 | 結合角、分子の形、結合関係（授業用の分子模型キット） |
| 空間充填（CPK） | 原子をファンデルワールス半径で表示 | 実際の大きさと形、立体的なかさ高さ、分子の詰まり方 |
| スティック | 結合のみを原子ごとの色で表示 | 大きめの分子、配座 |
| ワイヤーフレーム | 結合を細い線で表示 | 大きな構造、高速な回転 |
CPK配色
原子は標準のCPK（Jmol）配色で表示されます：炭素は灰色、水素は白、酸素は赤、窒素は青、硫黄は黄、リンはオレンジ、塩素は緑、臭素は暗赤色、ヨウ素は紫です。
3D座標はPubChemが計算した配座から取得し、3Dmol.jsで描画しています。自分のSMILESをSDF、PDB、XYZで書き出すにはSMILES→3D構造変換ツールを、タンパク質やPDBエントリーにはタンパク質ビューアを使ってください。
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MolDrawエディターを開くよくある質問
球棒モデルとは何ですか？
球棒モデル（ボール・アンド・スティックモデル）は、原子を色付きの球、結合を棒で表します。水の104.5°の折れ曲がりやメタンの正四面体形など、結合角や分子の形がわかりやすくなります。
球棒モデルと空間充填モデルの違いは何ですか？
球棒モデルは原子を小さくして結合と結合角を見せます。空間充填（CPK）モデルは各原子をファンデルワールス半径で描くため、分子の実際の大きさと形がわかりますが、結合は見えなくなります。
分子模型の色は何を意味しますか？
多くの模型はCPK配色を使います。炭素は灰色または黒、水素は白、酸素は赤、窒素は青、硫黄は黄、塩素は緑、リンはオレンジです。
分子を3Dで表示するには？
名前（例：caffeine）、SMILES文字列、またはPubChem CIDを入力し、「3Dモデルを表示」を押します。名前は英語で入力してください。ドラッグで回転、ピンチでズームし、球棒・空間充填・スティック・ワイヤーフレームを切り替えられます。
3D構造はどこから取得していますか？
PubChemが計算した3D配座から取得しています。一部の塩、金属錯体、非常に大きな分子には3D配座がないため、代わりに2Dレイアウトが表示されます。
自分で分子を組み立てられますか？
はい。「分子を組み立てる」ツールで分子模型キットのように原子を組み合わせるか、MolDrawエディタで任意の構造を描いて3Dで表示できます。
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