Convertisseur SMILES en structure 3D
En bref : convertissez un SMILES en structure 3D interactive. Il est gratuit, fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.
Collez une chaîne SMILES, générez une structure 3D avec la bibliothèque légère 3Dmol.js et téléchargez-la dans les principaux formats d'image et de structure.
Saisie SMILES
Structure 3D obtenue
Formats d'entrée et de sortie
| Entrée : SMILES | Sortie : structure 3D | |
|---|---|---|
| Nom complet | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | Structure 3D |
| Contenu | Atomes, liaisons, cycles, charges et stéréochimie sur une seule ligne de texte. Pas de coordonnées. | Un modèle avec des coordonnées x, y, z pour chaque atome, affiché dans une vue orientable. |
| Fichier ou forme | .smi ou texte brut | À l'écran, avec téléchargement de fichiers |
Le format expliqué
Le SMILES est une représentation textuelle compacte de la connectivité moléculaire. Il est excellent pour la saisie, la recherche et les bases de données, mais il ne stocke pas directement une conformation 3D définitive.
Les formats de structure 3D comme SDF, XYZ, PDB, MOL, OBJ et X3D stockent des coordonnées ou une géométrie affichable. SDF et PDB sont des formats de coordonnées chimiques, XYZ est une simple table de coordonnées atomiques, et OBJ/X3D sont des formats de modèles 3D destinés à la visualisation. Utilisez le convertisseur XYZ / Gaussian en 2D pour retransformer des fichiers de coordonnées en dessin 2D déduit. Pour prédire la géométrie VSEPR, les angles de liaison et l'hybridation autour d'un atome central, essayez le calculateur de géométrie moléculaire VSEPR.
Les coordonnées 3D générées sont utiles pour la visualisation et l'enseignement. Pour le docking, la chimie quantique ou une géométrie de qualité publication, validez l'état de protonation, la stéréochimie, la qualité du conformère et l'optimisation par champ de force.
Besoin d'une figure pour votre compte rendu ? Dessinez des structures chimiques en ligne avec MolDraw, une alternative gratuite à ChemDraw en ligne.
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