3D 分子模型檢視器
簡而言之:3D 分子檢視器:依名稱、SMILES 或 PubChem CID 搜尋任何分子,以 CPK 配色旋轉球棍、空間填充、棒狀或線框分子模型。完全免費,在網頁瀏覽器中執行,不需下載。
依名稱、SMILES 或 PubChem CID 查詢任何分子,並以互動式 3D 模型探索,就像虛擬的分子模型組。您可以在球棍、空間填充、棒狀與線框之間切換,開關標示與氫原子,並儲存 PNG。
拖曳可旋轉,雙指縮放或捲動滾輪可縮放,雙指拖曳可移動。
SMILES:
分子模型樣式說明
| 模型 | 呈現內容 | 最適用於 |
|---|---|---|
| 球棍模型 | 原子為小球,化學鍵為棍棒 | 鍵角、幾何形狀與連接關係(課堂用分子模型組) |
| 空間填充(CPK)模型 | 原子以凡得瓦半徑呈現 | 真實大小與形狀、立體阻礙、分子如何堆積 |
| 棒狀 | 只顯示鍵,依原子著色 | 較大的分子、構形 |
| 線框 | 以細線表示鍵 | 大型結構、快速旋轉 |
CPK 配色
原子採用標準 CPK(Jmol)配色:碳為灰色、氫為白色、氧為紅色、氮為藍色、硫為黃色、磷為橘色、氯為綠色、溴為暗紅色、碘為紫色。
3D 座標來自 PubChem 計算出的構形,並以 3Dmol.js 繪製。若要使用自己的 SMILES 並匯出 SDF、PDB 或 XYZ,請使用 SMILES 轉 3D 結構工具。若是蛋白質與 PDB 條目,請使用蛋白質檢視器。
要為筆記畫結構嗎?MolDraw 是免費的線上化學結構編輯器,可繪製分子、反應與實驗裝置圖。
開啟 MolDraw 編輯器常見問題
什麼是球棍模型?
球棍模型以彩色球體表示原子、以棍棒表示化學鍵,可清楚看出鍵角與分子幾何形狀,例如水分子 104.5° 的彎曲,或甲烷的正四面體形狀。
球棍模型與空間填充模型有什麼不同?
球棍模型將原子縮小,以呈現鍵結與鍵角。空間填充(CPK)模型以凡得瓦半徑畫出每個原子,能呈現分子真實的大小與形狀,但會遮住鍵結。
分子模型中的顏色代表什麼?
大多數模型使用 CPK 配色:碳為灰色或黑色、氫為白色、氧為紅色、氮為藍色、硫為黃色、氯為綠色、磷為橘色。
如何以 3D 檢視分子?
輸入分子的英文名稱(例如 caffeine)、SMILES 字串或 PubChem CID,然後按「顯示 3D 模型」。拖曳可旋轉、雙指縮放可放大縮小,並可在球棍、空間填充、棒狀與線框之間切換。
3D 結構從哪裡來?
來自 PubChem 計算出的 3D 構形。部分鹽類、金屬錯合物與非常大的分子沒有 3D 構形,因此會改為顯示 2D 排列。
可以自己組建分子嗎?
可以。使用「分子組建」工具像模型組一樣把原子組合起來,或在 MolDraw 編輯器中畫出任何結構,再以 3D 檢視。
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