MolDraw › Narzędzia chemiczne › Przeglądarka modeli cząsteczek 3D
Przeglądarka modeli cząsteczek 3D
W skrócie: Przeglądarka cząsteczek 3D: wyszukaj dowolną cząsteczkę po nazwie, SMILES lub CID z PubChem i obracaj model kulkowo-pręcikowy, czaszowy, pręcikowy lub szkieletowy w kolorach CPK. Jest darmowa, działa w przeglądarce i nie wymaga instalacji.
Wyszukaj dowolną cząsteczkę po nazwie (po angielsku), SMILES lub CID z PubChem i oglądaj ją jako interaktywny model 3D, jak wirtualny zestaw do budowy modeli cząsteczek. Możesz przełączać między modelem kulkowo-pręcikowym, czaszowym, pręcikowym i szkieletowym, włączać i wyłączać etykiety oraz atomy wodoru i zapisać PNG.
Przeciągnij, aby obrócić, uszczypnij lub przewiń, aby powiększyć, przeciągnij dwoma palcami, aby przesunąć.
SMILES:
Rodzaje modeli cząsteczek
| Model | Co pokazuje | Najlepszy do |
|---|---|---|
| Kulkowo-pręcikowy | Atomy jako małe kulki, wiązania jako pręciki | Kątów wiązań, geometrii i połączeń (szkolne zestawy modeli) |
| Czaszowy (CPK) | Atomy w promieniach van der Waalsa | Rzeczywistego rozmiaru i kształtu, zawady sterycznej, upakowania cząsteczek |
| Pręcikowy | Tylko wiązania, kolorowane według atomów | Większych cząsteczek, konformacji |
| Szkieletowy | Cienkie linie jako wiązania | Dużych struktur, szybkiego obracania |
Kolory CPK
Atomy są kolorowane według standardowego schematu CPK (Jmol): węgiel szary, wodór biały, tlen czerwony, azot niebieski, siarka żółta, fosfor pomarańczowy, chlor zielony, brom ciemnoczerwony, a jod fioletowy.
Współrzędne 3D pochodzą z obliczonych konformerów PubChem i są renderowane przez 3Dmol.js. Dla własnych SMILES z eksportem do SDF, PDB lub XYZ użyj konwertera SMILES na strukturę 3D. Dla białek i wpisów PDB użyj przeglądarki białek.
Rysujesz struktury do notatek? MolDraw to darmowy edytor struktur chemicznych online do cząsteczek, reakcji i schematów laboratoryjnych.
Otwórz edytor MolDrawNajczęściej zadawane pytania
Co to jest model kulkowo-pręcikowy?
Model kulkowo-pręcikowy przedstawia atomy jako kolorowe kulki, a wiązania jako pręciki. Ułatwia zobaczenie kątów wiązań i geometrii cząsteczki, np. zgięcia cząsteczki wody o 104,5° lub tetraedrycznego kształtu metanu.
Czym różni się model kulkowo-pręcikowy od czaszowego?
Model kulkowo-pręcikowy pomniejsza atomy, aby pokazać wiązania i kąty. Model czaszowy (CPK) rysuje każdy atom w jego promieniu van der Waalsa, więc pokazuje rzeczywisty rozmiar i kształt cząsteczki, ale ukrywa wiązania.
Co oznaczają kolory w modelu cząsteczki?
Większość modeli używa kolorów CPK: węgiel jest szary lub czarny, wodór biały, tlen czerwony, azot niebieski, siarka żółta, chlor zielony, a fosfor pomarańczowy.
Jak obejrzeć cząsteczkę w 3D?
Wpisz jej nazwę po angielsku (np. caffeine), ciąg SMILES lub CID z PubChem i naciśnij „Pokaż model 3D”. Przeciągnij, aby obrócić, uszczypnij, aby powiększyć, i przełączaj między modelem kulkowo-pręcikowym, czaszowym, pręcikowym i szkieletowym.
Skąd pochodzą struktury 3D?
Z obliczonych konformerów 3D w PubChem. Niektóre sole, kompleksy metali i bardzo duże cząsteczki nie mają konformera 3D, więc zamiast tego pokazywany jest układ 2D.
Czy mogę zbudować własną cząsteczkę?
Tak. Użyj narzędzia „Zbuduj cząsteczkę”, aby składać atomy jak z zestawu modeli, albo narysuj dowolną strukturę w edytorze MolDraw i obejrzyj ją w 3D.
Powiązane narzędzia chemiczne
Ostatnia aktualizacja: