3D 分子模型查看器
简而言之:3D 分子查看器:按名称、SMILES 或 PubChem CID 搜索任意分子,旋转采用 CPK 配色的球棍、空间填充、棍状或线框分子模型。免费,在网页浏览器中运行,无需下载。
按名称、SMILES 或 PubChem CID 查找任意分子,并以交互式 3D 模型探索它,就像一套虚拟分子模型。可以在球棍、空间填充、棍状和线框模型之间切换,显示或隐藏标签和氢原子,并保存为 PNG。
拖动以旋转,双指捏合或滚动以缩放,双指拖动以平移。
SMILES:
分子模型样式说明
| 模型 | 显示内容 | 最适合 |
|---|---|---|
| 球棍模型 | 原子为小球,键为棍 | 键角、几何构型和连接关系(课堂用分子模型) |
| 空间填充模型(CPK) | 原子按范德华半径绘制 | 真实大小和形状、空间位阻、分子堆积方式 |
| 棍状 | 只显示键,按原子着色 | 较大分子、构象 |
| 线框 | 用细线表示键 | 大型结构、快速旋转 |
CPK 配色
原子采用标准 CPK(Jmol)配色方案:碳为灰色,氢为白色,氧为红色,氮为蓝色,硫为黄色,磷为橙色,氯为绿色,溴为暗红色,碘为紫色。
3D 坐标来自 PubChem 计算的构象,使用 3Dmol.js 渲染。如需处理你自己的 SMILES 并导出 SDF、PDB 或 XYZ,请使用 SMILES 转 3D 结构转换器。蛋白质和 PDB 条目请使用蛋白质查看器。
要为笔记绘制结构?MolDraw 是免费的在线化学结构编辑器,可绘制分子、反应和实验装置图。
打开 MolDraw 编辑器常见问题
什么是球棍模型?
球棍模型用彩色小球表示原子,用棍表示化学键。它能清楚地显示键角和分子几何构型,例如水分子 104.5° 的弯曲和甲烷的正四面体结构。
球棍模型和空间填充模型有什么区别?
球棍模型把原子缩小以显示键和键角。空间填充(CPK)模型按范德华半径绘制每个原子,因此能显示分子的真实大小和形状,但会遮住化学键。
分子模型中的颜色代表什么?
大多数模型采用 CPK 配色:碳为灰色或黑色,氢为白色,氧为红色,氮为蓝色,硫为黄色,氯为绿色,磷为橙色。
如何以 3D 方式查看分子?
输入其英文名称(例如 caffeine)、SMILES 字符串或 PubChem CID,然后点击“显示 3D 模型”。拖动以旋转,双指捏合以缩放,并可在球棍、空间填充、棍状和线框模型之间切换。
3D 结构来自哪里?
来自 PubChem 计算的 3D 构象。部分盐、金属配合物和非常大的分子没有 3D 构象,此时会显示 2D 布局。
可以自己搭建分子吗?
可以。使用“搭建分子”工具像拼装模型一样组合原子,或在 MolDraw 编辑器中绘制任意结构并以 3D 方式查看。
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