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Visualizzatore 3D di modelli molecolari
In breve: visualizzatore 3D di molecole: cerca qualsiasi molecola per nome, SMILES o CID PubChem e ruota un modello molecolare a sfere e bastoncini, a riempimento spaziale, a bastoncini o a fil di ferro con colori CPK. È gratuito, funziona nel browser web e non richiede download.
Cerca qualsiasi molecola per nome, SMILES o CID PubChem ed esplorala come modello 3D interattivo, come un kit virtuale di modelli molecolari. Puoi passare tra sfere e bastoncini, riempimento spaziale, bastoncini e fil di ferro, attivare o disattivare etichette e idrogeni e salvare un PNG.
Trascina per ruotare, avvicina le dita o scorri per lo zoom, trascina con due dita per spostare.
SMILES:
Gli stili dei modelli molecolari spiegati
| Modello | Cosa mostra | Ideale per |
|---|---|---|
| Sfere e bastoncini | Atomi come piccole sfere, legami come bastoncini | Angoli di legame, geometria e connettività (kit di modelli molecolari da classe) |
| Riempimento spaziale (CPK) | Atomi con i loro raggi di van der Waals | Dimensioni e forma reali, ingombro sterico, impaccamento delle molecole |
| Bastoncini | Solo legami, colorati per atomo | Molecole più grandi, conformazioni |
| Fil di ferro | Linee sottili per i legami | Strutture grandi, rotazione veloce |
Colori CPK
Gli atomi sono colorati con lo schema standard CPK (Jmol): carbonio grigio, idrogeno bianco, ossigeno rosso, azoto blu, zolfo giallo, fosforo arancione, cloro verde, bromo rosso scuro e iodio viola.
Le coordinate 3D provengono dai conformeri calcolati di PubChem e sono visualizzate con 3Dmol.js. Per i tuoi SMILES con esportazione in SDF, PDB o XYZ, usa il convertitore da SMILES a struttura 3D. Per proteine e voci PDB, usa il visualizzatore di proteine.
Devi disegnare strutture per i tuoi appunti? MolDraw è un editor gratuito online di strutture chimiche per molecole, reazioni e schemi di laboratorio.
Apri l'editor MolDrawDomande frequenti
Che cos'è un modello a sfere e bastoncini?
Un modello a sfere e bastoncini mostra gli atomi come sfere colorate e i legami come bastoncini. Rende facili da vedere gli angoli di legame e la geometria molecolare, per esempio la piegatura di 104,5° dell'acqua o la forma tetraedrica del metano.
Qual è la differenza tra modelli a sfere e bastoncini e modelli a riempimento spaziale?
Il modello a sfere e bastoncini rimpicciolisce gli atomi per mostrare legami e angoli. Un modello a riempimento spaziale (CPK) disegna ogni atomo con il suo raggio di van der Waals, quindi mostra le dimensioni e la forma reali della molecola ma nasconde i legami.
Che cosa significano i colori in un modello molecolare?
La maggior parte dei modelli usa i colori CPK: carbonio grigio o nero, idrogeno bianco, ossigeno rosso, azoto blu, zolfo giallo, cloro verde e fosforo arancione.
Come visualizzo una molecola in 3D?
Scrivi il suo nome in inglese (es. caffeine), una stringa SMILES o un CID PubChem e premi Mostra modello 3D. Trascina per ruotare, avvicina due dita per lo zoom e passa tra sfere e bastoncini, riempimento spaziale, bastoncini e fil di ferro.
Da dove provengono le strutture 3D?
Dai conformeri 3D calcolati di PubChem. Alcuni sali, complessi metallici e molecole molto grandi non hanno un conformero 3D, quindi viene mostrata una disposizione 2D.
Posso costruire una molecola tutta mia?
Sì. Usa lo strumento Costruisci una molecola per assemblare atomi come in un kit, oppure disegna qualsiasi struttura nell'editor MolDraw e visualizzala in 3D.
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