MolDraw › Химические инструменты › Просмотр 3D-моделей молекул
Просмотр 3D-моделей молекул
Кратко: 3D-просмотрщик молекул: найдите любую молекулу по названию, SMILES или PubChem CID и вращайте шаростержневую, объёмную, стержневую или каркасную модель в цветах CPK. Инструмент бесплатный, работает в браузере и не требует загрузки.
Найдите любую молекулу по названию (на английском), SMILES или PubChem CID и изучайте её как интерактивную 3D-модель — словно виртуальный набор для моделирования молекул. Можно переключаться между шаростержневой, объёмной, стержневой и каркасной моделями, включать и выключать подписи и атомы водорода и сохранять PNG.
Перетаскивайте для вращения, сводите пальцы или прокручивайте для масштабирования, перетаскивайте двумя пальцами для перемещения.
SMILES:
Типы моделей молекул
| Модель | Что показывает | Лучше всего подходит для |
|---|---|---|
| Шаростержневая | Атомы — маленькие шары, связи — стержни | Валентных углов, геометрии и связности (как школьные наборы для моделирования) |
| Объёмная (CPK) | Атомы с ван-дер-ваальсовыми радиусами | Реального размера и формы, стерических затруднений, упаковки молекул |
| Стержневая | Только связи, окрашенные по атомам | Крупных молекул, конформаций |
| Каркасная | Тонкие линии вместо связей | Больших структур, быстрого вращения |
Цвета CPK
Атомы окрашены по стандартной схеме CPK (Jmol): углерод серый, водород белый, кислород красный, азот синий, сера жёлтая, фосфор оранжевый, хлор зелёный, бром тёмно-красный, иод фиолетовый.
3D-координаты берутся из рассчитанных конформеров PubChem и отображаются с помощью 3Dmol.js. Для своих SMILES с экспортом в SDF, PDB или XYZ используйте конвертер SMILES в 3D-структуру. Для белков и записей PDB используйте просмотр белков.
Рисуете структуры для конспекта? MolDraw — бесплатный онлайн-редактор химических структур для молекул, реакций и схем лабораторных установок.
Открыть редактор MolDrawЧасто задаваемые вопросы
Что такое шаростержневая модель?
Шаростержневая модель изображает атомы цветными шарами, а связи — стержнями. На ней легко увидеть валентные углы и геометрию молекулы, например изгиб молекулы воды на 104,5° или тетраэдрическую форму метана.
Чем шаростержневая модель отличается от объёмной?
В шаростержневой модели атомы уменьшены, чтобы были видны связи и углы. Объёмная (CPK) модель изображает каждый атом с его ван-дер-ваальсовым радиусом, поэтому показывает реальный размер и форму молекулы, но скрывает связи.
Что означают цвета в модели молекулы?
В большинстве моделей используются цвета CPK: углерод серый или чёрный, водород белый, кислород красный, азот синий, сера жёлтая, хлор зелёный, фосфор оранжевый.
Как посмотреть молекулу в 3D?
Введите её английское название (например, caffeine), строку SMILES или PubChem CID и нажмите «Показать 3D-модель». Перетаскивайте, чтобы вращать, сводите пальцы для масштабирования и переключайтесь между шаростержневой, объёмной, стержневой и каркасной моделями.
Откуда берутся 3D-структуры?
Из рассчитанных 3D-конформеров PubChem. Для некоторых солей, комплексов металлов и очень больших молекул 3D-конформера нет, поэтому вместо него показывается 2D-изображение.
Можно ли построить свою молекулу?
Да. Используйте инструмент «Собери молекулу», чтобы соединять атомы как в конструкторе, или нарисуйте любую структуру в редакторе MolDraw и посмотрите её в 3D.
Другие химические инструменты
Последнее обновление: