MolDraw › Công cụ hóa học › Xem mô hình phân tử 3D

Xem mô hình phân tử 3D

Tóm tắt: Trình xem phân tử 3D: tìm phân tử theo tên, SMILES hoặc CID PubChem và xoay mô hình que-cầu, mô hình đặc, dạng que hoặc khung dây với màu CPK. Miễn phí, chạy ngay trên trình duyệt và không cần tải về.

Tra cứu bất kỳ phân tử nào theo tên, SMILES hoặc CID PubChem và khám phá nó dưới dạng mô hình 3D tương tác, như một bộ mô hình phân tử ảo. Bạn có thể chuyển giữa mô hình que-cầu, đặc, dạng que và khung dây, bật hoặc tắt nhãn và hydrogen, và lưu ảnh PNG.

Trả lời nhanh: gõ tên phân tử bằng tiếng Anh như caffeine rồi kéo để xoay. Mô hình que-cầu thể hiện liên kết và góc, mô hình đặc thể hiện kích thước và hình dạng thực, và các nguyên tử dùng màu CPK (C xám, H trắng, O đỏ, N xanh lam).

Kéo để xoay, chụm hoặc cuộn để thu phóng, kéo bằng hai ngón để di chuyển.

SMILES:

Giải thích các kiểu mô hình phân tử

Mô hìnhThể hiện gìPhù hợp nhất cho
Que-cầuNguyên tử là quả cầu nhỏ, liên kết là queGóc liên kết, hình học và cách liên kết (bộ mô hình phân tử trên lớp)
Mô hình đặc (CPK)Nguyên tử theo bán kính van der WaalsKích thước và hình dạng thực, hiệu ứng không gian, cách các phân tử xếp chặt
QueChỉ có liên kết, tô màu theo nguyên tửPhân tử lớn hơn, cấu dạng
Khung dâyĐường mảnh biểu diễn liên kếtCấu trúc lớn, xoay nhanh

Màu CPK

Các nguyên tử được tô theo quy ước CPK (Jmol) chuẩn: carbon xám, hydrogen trắng, oxygen đỏ, nitrogen xanh lam, sulfur vàng, phosphorus cam, chlorine xanh lục, bromine đỏ sẫm và iodine tím.

Tọa độ 3D lấy từ các cấu dạng tính toán của PubChem, hiển thị bằng 3Dmol.js. Với SMILES của riêng bạn và xuất sang SDF, PDB hoặc XYZ, hãy dùng công cụ chuyển SMILES sang cấu trúc 3D. Với protein và mục PDB, hãy dùng trình xem protein.

Cần vẽ cấu trúc cho ghi chép? MolDraw là trình soạn thảo cấu trúc hóa học trực tuyến miễn phí cho phân tử, phản ứng và sơ đồ phòng thí nghiệm.

Mở trình soạn thảo MolDraw

Câu hỏi thường gặp

Mô hình que-cầu là gì?

Mô hình que-cầu biểu diễn nguyên tử bằng các quả cầu màu và liên kết bằng các que. Nó giúp dễ thấy góc liên kết và hình học phân tử, ví dụ góc 104,5° của nước hay hình tứ diện của methane.

Mô hình que-cầu và mô hình đặc khác nhau thế nào?

Mô hình que-cầu thu nhỏ nguyên tử để thể hiện liên kết và góc. Mô hình đặc (CPK) vẽ mỗi nguyên tử theo bán kính van der Waals, nên thể hiện kích thước và hình dạng thực của phân tử nhưng che khuất liên kết.

Màu sắc trong mô hình phân tử có ý nghĩa gì?

Hầu hết mô hình dùng màu CPK: carbon màu xám hoặc đen, hydrogen trắng, oxygen đỏ, nitrogen xanh lam, sulfur vàng, chlorine xanh lục và phosphorus cam.

Làm thế nào để xem phân tử dưới dạng 3D?

Gõ tên phân tử bằng tiếng Anh (ví dụ caffeine), một chuỗi SMILES hoặc CID PubChem rồi nhấn Hiện mô hình 3D. Kéo để xoay, chụm hai ngón để thu phóng, và chuyển giữa mô hình que-cầu, đặc, dạng que và khung dây.

Cấu trúc 3D lấy từ đâu?

Từ các cấu dạng 3D tính toán của PubChem. Một số muối, phức kim loại và phân tử rất lớn không có cấu dạng 3D, nên bố cục 2D sẽ được hiển thị thay thế.

Tôi có thể tự dựng phân tử không?

Có. Dùng công cụ Dựng phân tử để ghép các nguyên tử như bộ lắp ráp, hoặc vẽ bất kỳ cấu trúc nào trong trình soạn thảo MolDraw rồi xem ở dạng 3D.

Công cụ hóa học liên quan

Giao diện que-cầuQue-cầu 2DPlugin MEPThế tĩnh điệnHướng dẫn ký hiệu SMILESCông cụ liên quanBảng phổ hồng ngoại IR (bảng tương quan)Công cụ liên quanMô hình 3D của các phân tử thông dụngNước, glucose, caffeine và nhiều chất khácDựng phân tửDựng phân tử kèm thử tháchTính hình học phân tử VSEPRHình dạng và góc liên kếtSMILES sang cấu trúc 3DXuất SDF, PDB, XYZTrình xem proteinMục PDB ở dạng 3DTên sang cấu trúcTên → cấu trúc 2DTạo công thức LewisCông thức electron dạng chấmBảng tuần hoàn tương tácNguyên tố và dữ liệuTìm nhóm điểm đối xứngĐối xứng phân tử và bảng đặc biểuXác định cấu hình R/STrung tâm lập thể, độ ưu tiên CIP, R/S và E/ZVẽ cấu dạng ghế và hình chiếu NewmanTrục/xích đạo, lật vòng và năng lượng góc nhị diện

Cập nhật lần cuối: