MolDraw › Scheikundetools › 3D-molecuulmodelviewer
3D-molecuulmodelviewer
Kort gezegd: 3D-molecuulviewer: zoek een molecuul op naam, SMILES of PubChem-CID en draai een bal-en-stok-, ruimtevullend, stok- of draadmodel met CPK-kleuren. Gratis, werkt in je webbrowser en vereist geen download.
Zoek een molecuul op naam, SMILES of PubChem-CID en verken het als interactief 3D-model, als een virtuele molecuulbouwdoos. Je kunt wisselen tussen bal-en-stok, ruimtevullend, stok en draadmodel, labels en waterstofatomen aan- of uitzetten en een PNG opslaan.
Sleep om te draaien, knijp of scroll om te zoomen, sleep met twee vingers om te verplaatsen.
SMILES:
Stijlen van molecuulmodellen uitgelegd
| Model | Wat het toont | Het best voor |
|---|---|---|
| Bal-en-stok | Atomen als kleine bollen, bindingen als staafjes | Bindingshoeken, geometrie en connectiviteit (molecuulbouwdozen in de klas) |
| Ruimtevullend (CPK) | Atomen met hun vanderwaalsstraal | Echte grootte en vorm, sterische hinder, hoe moleculen stapelen |
| Stok | Alleen bindingen, gekleurd per atoom | Grotere moleculen, conformaties |
| Draadmodel | Dunne lijnen voor bindingen | Grote structuren, snel draaien |
CPK-kleuren
Atomen krijgen het standaard CPK-kleurschema (Jmol): koolstof grijs, waterstof wit, zuurstof rood, stikstof blauw, zwavel geel, fosfor oranje, chloor groen, broom donkerrood en jood paars.
3D-coördinaten komen uit de berekende conformeren van PubChem en worden weergegeven met 3Dmol.js. Voor je eigen SMILES met export naar SDF, PDB of XYZ gebruik je de SMILES-naar-3D-structuurconverter. Voor eiwitten en PDB-entries gebruik je de eiwitviewer.
Structuren tekenen voor je aantekeningen? MolDraw is een gratis online editor voor chemische structuren voor moleculen, reacties en labschema's.
MolDraw-editor openenVeelgestelde vragen
Wat is een bal-en-stokmodel?
Een bal-en-stokmodel toont atomen als gekleurde bollen en bindingen als staafjes. Zo zie je bindingshoeken en molecuulgeometrie goed, bijvoorbeeld de hoek van 104,5° in water of de tetraëdrische vorm van methaan.
Wat is het verschil tussen bal-en-stok- en ruimtevullende modellen?
Bal-en-stok maakt de atomen kleiner om bindingen en hoeken te tonen. Een ruimtevullend (CPK-)model tekent elk atoom met zijn vanderwaalsstraal, zodat je de echte grootte en vorm van het molecuul ziet, maar de bindingen verborgen blijven.
Wat betekenen de kleuren in een molecuulmodel?
De meeste modellen gebruiken CPK-kleuren: koolstof grijs of zwart, waterstof wit, zuurstof rood, stikstof blauw, zwavel geel, chloor groen en fosfor oranje.
Hoe bekijk ik een molecuul in 3D?
Typ de (Engelse) naam (bijv. caffeine), een SMILES-string of een PubChem-CID en druk op 3D-model tonen. Sleep om te draaien, knijp om te zoomen en wissel tussen bal-en-stok, ruimtevullend, stok en draadmodel.
Waar komen de 3D-structuren vandaan?
Uit de berekende 3D-conformeren van PubChem. Sommige zouten, metaalcomplexen en zeer grote moleculen hebben geen 3D-conformeer; dan wordt een 2D-weergave getoond.
Kan ik zelf een molecuul bouwen?
Ja. Gebruik de tool Bouw een molecuul om atomen samen te voegen zoals met een bouwdoos, of teken een structuur in de MolDraw-editor en bekijk die in 3D.
Verwante scheikundetools
Laatst bijgewerkt: