Conversor de SMILES em PDB
Em resumo: Converta uma string SMILES em um arquivo PDB 3D para download. É gratuito, funciona no seu navegador e não precisa de download.
Converta uma string SMILES em um arquivo PDB 3D usando um serviço público de conversão química. Você pode visualizar e baixar o texto PDB gerado.
Formatos de entrada e saída
| Entrada: SMILES | Saída: PDB | |
|---|---|---|
| Nome completo | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB (formato Protein Data Bank) |
| O que contém | Átomos, ligações, anéis, cargas e estereoquímica em uma única linha de texto. Sem coordenadas. | Coordenadas atômicas 3D em colunas fixas. Usado para proteínas e moléculas pequenas. |
| Arquivo ou forma | .smi ou texto simples | .pdb |
Formatos de arquivo explicados
SMILES é um identificador de texto compacto para a conectividade molecular. É fácil de colar e armazenar, mas não contém coordenadas 3D explícitas.
PDB armazena coordenadas atômicas em um formato de biologia estrutural. O PDB é útil para visualização 3D, modelagem molecular e fluxos de trabalho que esperam arquivos de coordenadas.
Uma conversão de SMILES em PDB gera um rascunho de coordenadas a partir da conectividade. Valide a estereoquímica, a protonação e a geometria do confôrmero antes de usar o PDB em docking ou química computacional.
O que você obtém e como usar
O conversor gera um confôrmero 3D a partir da conectividade do SMILES e o grava em PDB, com uma linha HETATM por átomo indicando suas coordenadas x, y, z em ångströms. Isso é útil para ver uma molécula pequena em programas 3D, preparar um ligante para modelagem ou criar rapidamente uma imagem 3D para o ensino.
Como usar
- Cole um SMILES, por exemplo o da cafeína
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C. - Converta e visualize o texto PDB.
- Baixe o arquivo .pdb e abra-o em um visualizador molecular.
O que é bom saber
- Um confôrmero: moléculas flexíveis têm muitas formas. O arquivo contém uma geometria razoável, não necessariamente a bioativa ou a de menor energia.
- Estereoquímica: especifique @/@@ para centros quirais e / ou \ para a geometria de ligações duplas; caso contrário, a geometria pode ser escolhida arbitrariamente.
- Ordens de ligação: o formato PDB não armazena as ordens de ligação de forma confiável, então alguns programas as deduzem de novo. Se precisar preservar as ordens de ligação, considere SMILES para MOL2 ou SMILES para SDF.
Para docking com ferramentas da família AutoDock, use SMILES para PDBQT.
Última atualização: