Konwerter SMILES na PDB
W skrócie: Przekształć ciąg SMILES w plik 3D PDB do pobrania. Jest darmowy, działa w przeglądarce i nie wymaga pobierania.
Przekształć ciąg SMILES w plik 3D PDB za pomocą publicznego serwisu konwersji chemicznej. Możesz obejrzeć i pobrać wygenerowany tekst PDB.
Formaty wejściowe i wyjściowe
| Dane wejściowe: SMILES | Wynik: PDB | |
|---|---|---|
| Pełna nazwa | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB (format Protein Data Bank) |
| Co zawiera | Atomy, wiązania, pierścienie, ładunki i stereochemię w jednym wierszu tekstu. Bez współrzędnych. | Współrzędne atomów 3D w stałych kolumnach. Używany dla białek i małych cząsteczek. |
| Plik lub forma | .smi lub zwykły tekst | .pdb |
Formaty plików w skrócie
SMILES to zwarty tekstowy identyfikator połączeń w cząsteczce. Łatwo go wkleić i przechowywać, ale nie zawiera jawnych współrzędnych 3D.
PDB przechowuje współrzędne atomów w formacie stosowanym w biologii strukturalnej. PDB przydaje się do wizualizacji 3D, modelowania molekularnego i procedur wymagających plików ze współrzędnymi.
Konwersja SMILES na PDB generuje wstępne współrzędne na podstawie połączeń. Przed użyciem pliku PDB do dokowania lub obliczeń chemicznych sprawdź stereochemię, protonowanie i geometrię konformeru.
Co otrzymujesz i jak tego używać
Konwerter generuje konformer 3D na podstawie połączeń zapisanych w SMILES i zapisuje go jako PDB, z jednym wierszem HETATM na atom, podającym jego współrzędne x, y, z w angstremach. Przydaje się to do oglądania małej cząsteczki w programach 3D, przygotowania liganda do modelowania lub szybkiego wykonania ilustracji 3D do nauczania.
Jak z niego korzystać
- Wklej SMILES, np. kofeiny:
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C. - Konwertuj i obejrzyj podgląd tekstu PDB.
- Pobierz plik .pdb i otwórz go w przeglądarce cząsteczek.
Warto wiedzieć
- Jeden konformer: cząsteczki elastyczne mają wiele kształtów. Plik zawiera jedną rozsądną geometrię, niekoniecznie bioaktywną ani o najniższej energii.
- Stereochemia: podaj @/@@ dla centrów chiralności oraz / lub \ dla geometrii wiązań podwójnych, w przeciwnym razie geometria może zostać wybrana dowolnie.
- Rzędy wiązań: format PDB nie przechowuje rzędów wiązań w niezawodny sposób, więc niektóre programy odtwarzają je ponownie. Jeśli potrzebujesz zachowania rzędów wiązań, rozważ SMILES na MOL2 lub SMILES na SDF.
Do dokowania narzędziami z rodziny AutoDock użyj konwertera SMILES na PDBQT.
Ostatnia aktualizacja: