محوّل SMILES إلى PDB
باختصار: حوّل سلسلة SMILES إلى ملف PDB ثلاثي الأبعاد قابل للتنزيل. الأداة مجانية وتعمل في متصفح الويب دون الحاجة إلى تنزيل.
حوّل سلسلة SMILES إلى ملف PDB ثلاثي الأبعاد باستخدام خدمة تحويل كيميائية عامة. يمكنك استعراض نص PDB الناتج وتنزيله.
صيغ الإدخال والإخراج
| الإدخال: SMILES | الإخراج: PDB | |
|---|---|---|
| الاسم الكامل | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB (صيغة بنك بيانات البروتين Protein Data Bank) |
| ما الذي تحتويه | الذرات والروابط والحلقات والشحنات والكيمياء الفراغية في سطر نصي واحد. دون إحداثيات. | إحداثيات ذرية ثلاثية الأبعاد في أعمدة ثابتة. تُستخدم للبروتينات والجزيئات الصغيرة. |
| الملف أو الشكل | ملف .smi أو نص عادي | .pdb |
شرح صيغة الملف
SMILES معرّف نصي مختصر لترابط الذرات في الجزيء. يسهل لصقه وتخزينه، لكنه لا يحتوي على إحداثيات ثلاثية الأبعاد صريحة.
PDB يخزّن إحداثيات الذرات بصيغة من صيغ علم الأحياء البنيوي. وهو مفيد للعرض ثلاثي الأبعاد والنمذجة الجزيئية والأعمال التي تتطلب ملفات إحداثيات.
يولّد التحويل من SMILES إلى PDB مسودة إحداثيات من ترابط الذرات. تحقّق من الكيمياء الفراغية والبرتنة وهندسة المطابق (conformer) قبل استخدام ملف PDB في الإرساء الجزيئي (docking) أو الكيمياء الحاسوبية.
ما الذي تحصل عليه وكيف تستخدمه
يولّد المحوّل مطابقًا ثلاثي الأبعاد من ترابط الذرات في SMILES ويكتبه بصيغة PDB، بسطر HETATM لكل ذرة يعطي إحداثياتها x وy وz بالأنغستروم. وهذا مفيد لعرض جزيء صغير في برامج ثلاثية الأبعاد، أو لتحضير ربيطة (ligand) للنمذجة، أو لإنشاء صورة ثلاثية الأبعاد سريعة للتدريس.
طريقة الاستخدام
- الصق سلسلة SMILES، مثل الكافيين
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C. - حوّلها واستعرض نص PDB.
- نزّل ملف .pdb وافتحه في عارض جزيئي.
أمور يجب معرفتها
- مطابق واحد: للجزيئات المرنة أشكال كثيرة. يحتوي الملف على هندسة واحدة معقولة، وليست بالضرورة الهندسة النشطة حيويًا أو الأدنى طاقة.
- الكيمياء الفراغية: حدّد @/@@ للمراكز الكيرالية و/ أو \ لهندسة الرابطة الثنائية، وإلا فقد تُختار الهندسة عشوائيًا.
- رتب الروابط: لا تخزّن صيغة PDB رتب الروابط بشكل موثوق، لذا تعيد بعض البرامج استنتاجها. إذا كنت تحتاج إلى الحفاظ على رتب الروابط، ففكّر في SMILES إلى MOL2 أو SMILES إلى SDF.
للإرساء الجزيئي بأدوات عائلة AutoDock، استخدم SMILES إلى PDBQT.
آخر تحديث: