Conversor de SMILES em MOL2
Em resumo: Converta strings SMILES no formato MOL2 para docking e química medicinal. É gratuito, funciona no navegador e não precisa de download.
Converta strings SMILES no formato MOL2 para docking e compatibilidade com pipelines.
Formatos de entrada e saída
| Entrada: SMILES | Saída: MOL2 | |
|---|---|---|
| Nome completo | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2 (Tripos Mol2) |
| O que contém | Átomos, ligações, anéis, cargas e estereoquímica em uma única linha de texto. Sem coordenadas. | Coordenadas 3D, ligações, tipos de átomo e cargas parciais. |
| Arquivo ou forma | .smi ou texto simples | .mol2 |
Formatos de arquivo explicados
SMILES armazena a conectividade da molécula em uma linha curta de texto. É útil como identificador, mas não traz os tipos atômicos Tripos nem as seções da molécula.
MOL2 é o formato Tripos Mol2. Pode armazenar átomos, ligações, subestruturas, tipos atômicos, coordenadas e cargas, o que o torna útil em docking, modelagem molecular e química medicinal.
Use MOL2 quando uma ferramenta de docking ou modelagem esperar tipos atômicos Tripos ou campos de carga. Valide a protonação, as cargas e as coordenadas geradas antes do docking definitivo.
Quando você precisa de MOL2
O MOL2 é um formato de entrada comum para docking, triagem virtual e mecânica molecular. Além das coordenadas, armazena tipos atômicos SYBYL e cargas parciais, dos quais muitos programas de modelagem dependem. Converter uma string SMILES em MOL2 é uma forma rápida de preparar um ligante quando você só tem sua estrutura em texto.
Como usar
- Cole o SMILES do seu ligante, por exemplo o ibuprofeno
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O. - Converta e baixe o arquivo .mol2.
- Abra-o no seu programa de modelagem ou docking.
Antes do docking
- Protonação: decida qual estado de carga é relevante no pH de interesse. Um ácido carboxílico como o ibuprofeno está majoritariamente desprotonado em pH 7,4.
- Estereoquímica: especifique @ ou @@ no SMILES para os centros quirais; caso contrário, a geometria gerada pode escolher um arbitrariamente.
- Geometria: as coordenadas 3D geradas são um confôrmero inicial; geralmente se recomenda uma minimização de energia no seu programa de modelagem.
Para programas de docking que exigem PDBQT, veja SMILES para PDBQT. Para o caminho inverso, use MOL2 para SMILES.
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