SMILES-naar-PDB-converter
Kort gezegd: Zet een SMILES-string om in een downloadbaar 3D-PDB-bestand. Gratis, werkt in je webbrowser en zonder download.
Zet een SMILES-string om in een 3D-PDB-bestand via een openbare scheikundige conversiedienst. Je kunt de gemaakte PDB-tekst bekijken en downloaden.
Invoer- en uitvoerformaten
| Invoer: SMILES | Uitvoer: PDB | |
|---|---|---|
| Volledige naam | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB (Protein Data Bank-formaat) |
| Wat het bevat | Atomen, bindingen, ringen, ladingen en stereo als één regel tekst. Geen coördinaten. | 3D-atoomcoördinaten in vaste kolommen. Gebruikt voor eiwitten en kleine moleculen. |
| Bestand of vorm | .smi of platte tekst | .pdb |
Bestandsformaat uitgelegd
SMILES is een compacte tekstidentificatie voor de bindingsvolgorde van een molecuul. Het is makkelijk te plakken en op te slaan, maar bevat geen expliciete 3D-coördinaten.
PDB slaat atoomcoördinaten op in een formaat uit de structuurbiologie. PDB is handig voor 3D-visualisatie, moleculaire modellering en workflows die coördinatenbestanden verwachten.
Een omzetting van SMILES naar PDB maakt een coördinatenconcept uit de bindingsvolgorde. Controleer stereochemie, protonering en conformeergeometrie voordat je de PDB gebruikt voor docking of computationele chemie.
Wat je krijgt en hoe je het gebruikt
De converter maakt een 3D-conformeer uit de bindingsvolgorde van de SMILES en schrijft die als PDB, met één HETATM-regel per atoom met de x-, y- en z-coördinaten in ångström. Dat is handig om een klein molecuul in 3D-software te bekijken, een ligand voor modellering voor te bereiden of snel een 3D-afbeelding voor lessen te maken.
Zo gebruik je het
- Plak een SMILES, bijvoorbeeld cafeïne
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C. - Zet om en bekijk de PDB-tekst.
- Download het .pdb-bestand en open het in een molecuulviewer.
Goed om te weten
- Eén conformeer: flexibele moleculen hebben veel vormen. Het bestand bevat één redelijke geometrie, niet per se de bioactieve of die met de laagste energie.
- Stereochemie: geef @/@@ op voor chirale centra en / of \ voor de geometrie van dubbele bindingen, anders kan de geometrie willekeurig worden gekozen.
- Bindingsordes: het PDB-formaat slaat bindingsordes niet betrouwbaar op, dus sommige programma's leiden ze opnieuw af. Wil je de bindingsordes behouden, overweeg dan SMILES naar MOL2 of SMILES naar SDF.
Gebruik voor docking met tools uit de AutoDock-familie SMILES naar PDBQT.
Laatst bijgewerkt: