เครื่องมือแปลง SMILES เป็น PDB

สรุปสั้น ๆ: แปลงสตริง SMILES เป็นไฟล์ PDB 3 มิติที่ดาวน์โหลดได้ ใช้งานฟรี ทำงานในเว็บเบราว์เซอร์ และไม่ต้องดาวน์โหลดโปรแกรม

แปลงสตริง SMILES เป็นไฟล์ PDB 3 มิติโดยใช้บริการแปลงข้อมูลเคมีสาธารณะ คุณดูตัวอย่างและดาวน์โหลดข้อความ PDB ที่สร้างขึ้นได้

อธิบายรูปแบบไฟล์

SMILES เป็นตัวระบุแบบข้อความที่กะทัดรัดสำหรับการเชื่อมต่อของโมเลกุล วางและเก็บได้ง่าย แต่ไม่มีพิกัด 3 มิติ

PDB เก็บพิกัดอะตอมในรูปแบบของชีววิทยาโครงสร้าง PDB มีประโยชน์สำหรับการแสดงภาพ 3 มิติ การสร้างแบบจำลองโมเลกุล และเวิร์กโฟลว์ที่ต้องใช้ไฟล์พิกัด

การแปลง SMILES เป็น PDB สร้างพิกัดฉบับร่างจากข้อมูลการเชื่อมต่อ ควรตรวจสเตอริโอเคมี สถานะโปรตอน และรูปทรงคอนฟอร์เมอร์ก่อนนำ PDB ไปใช้ในด็อกกิงหรือเคมีคำนวณ

สิ่งที่คุณได้และวิธีใช้

เครื่องมือแปลงสร้างคอนฟอร์เมอร์ 3 มิติจากการเชื่อมต่อใน SMILES แล้วเขียนเป็น PDB โดยมีบรรทัด HETATM หนึ่งบรรทัดต่ออะตอม ระบุพิกัด x, y, z ในหน่วยอังสตรอม มีประโยชน์สำหรับดูโมเลกุลขนาดเล็กในซอฟต์แวร์ 3 มิติ เตรียมลิแกนด์สำหรับการสร้างแบบจำลอง หรือสร้างภาพ 3 มิติอย่างรวดเร็วเพื่อการสอน

วิธีใช้

1. วาง SMILES เช่น คาเฟอีน CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C
2. แปลงและดูตัวอย่างข้อความ PDB
3. ดาวน์โหลดไฟล์ .pdb แล้วเปิดในโปรแกรมดูโมเลกุล

สิ่งที่ควรรู้

• คอนฟอร์เมอร์เดียว: โมเลกุลที่ยืดหยุ่นมีหลายรูปร่าง ไฟล์นี้มีรูปทรงที่สมเหตุสมผลหนึ่งแบบ ซึ่งไม่จำเป็นต้องเป็นแบบที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพหรือมีพลังงานต่ำที่สุด
• สเตอริโอเคมี: ระบุ @/@@ สำหรับศูนย์ไครัล และ / หรือ \ สำหรับรูปทรงของพันธะคู่ มิฉะนั้นรูปทรงอาจถูกเลือกแบบสุ่ม
• อันดับพันธะ: รูปแบบ PDB เก็บอันดับพันธะได้ไม่น่าเชื่อถือ บางโปรแกรมจึงอนุมานใหม่ หากต้องการคงอันดับพันธะไว้ ลองใช้ SMILES เป็น MOL2 หรือ SMILES เป็น SDF

สำหรับด็อกกิงด้วยเครื่องมือตระกูล AutoDock ให้ใช้ SMILES เป็น PDBQT