SMILES-in-PDB-Konverter
Kurz gesagt: Wandle einen SMILES-String in eine herunterladbare 3D-PDB-Datei um. Kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
Wandle einen SMILES-String über einen öffentlichen Chemie-Konvertierungsdienst in eine 3D-PDB-Datei um. Du kannst den erzeugten PDB-Text ansehen und herunterladen.
Eingabe- und Ausgabeformate
| Eingabe: SMILES | Ausgabe: PDB | |
|---|---|---|
| Vollständiger Name | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB (Protein-Data-Bank-Format) |
| Inhalt | Atome, Bindungen, Ringe, Ladungen und Stereochemie als eine Textzeile. Keine Koordinaten. | 3D-Atomkoordinaten in festen Spalten. Wird für Proteine und kleine Moleküle verwendet. |
| Datei oder Form | .smi oder Klartext | .pdb |
Dateiformate erklärt
SMILES ist eine kompakte Textkennung für die Konnektivität eines Moleküls. Er lässt sich leicht einfügen und speichern, enthält aber keine expliziten 3D-Koordinaten.
PDB speichert Atomkoordinaten in einem Format aus der Strukturbiologie. PDB eignet sich für 3D-Darstellung, Molecular Modeling und Workflows, die Koordinatendateien erwarten.
Eine Umwandlung von SMILES in PDB erzeugt aus der Konnektivität einen Koordinatenentwurf. Prüfe Stereochemie, Protonierung und Konformergeometrie, bevor du die PDB-Datei für Docking oder Computerchemie verwendest.
Was du bekommst und wie du es nutzt
Der Konverter erzeugt aus der SMILES-Konnektivität ein 3D-Konformer und schreibt es als PDB, mit einer HETATM-Zeile pro Atom, die dessen x-, y-, z-Koordinaten in Ångström angibt. Das ist nützlich, um ein kleines Molekül in 3D-Software anzusehen, einen Liganden für die Modellierung vorzubereiten oder schnell ein 3D-Bild für den Unterricht zu erstellen.
So funktioniert es
- Füge einen SMILES ein, z. B. Coffein
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C. - Umwandeln und den PDB-Text in der Vorschau ansehen.
- Lade die .pdb-Datei herunter und öffne sie in einem Molekülbetrachter.
Gut zu wissen
- Ein Konformer: Flexible Moleküle haben viele Gestalten. Die Datei enthält eine plausible Geometrie, nicht unbedingt die bioaktive oder energieärmste.
- Stereochemie: Gib @/@@ für Stereozentren und / oder \ für die Geometrie von Doppelbindungen an, sonst wird die Geometrie womöglich willkürlich gewählt.
- Bindungsordnungen: Das PDB-Format speichert Bindungsordnungen nicht zuverlässig, daher leiten manche Programme sie neu ab. Wenn die Bindungsordnungen erhalten bleiben sollen, nutze SMILES in MOL2 oder SMILES in SDF.
Für Docking mit Tools der AutoDock-Familie nutze SMILES in PDBQT.
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