Conversor de SMILES em SDF
Em resumo: converta strings SMILES no formato SDF para fluxos de triagem e de conjuntos de dados. É gratuito, funciona no navegador e não precisa de download.
Converta SMILES em SDF para pipelines de conjuntos de dados e triagem virtual.
Formatos de entrada e saída
| Entrada: SMILES | Saída: SDF | |
|---|---|---|
| Nome completo | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | SDF (Structure Data File) |
| O que contém | Átomos, ligações, anéis, cargas e estereoquímica em uma única linha de texto. Sem coordenadas. | Um ou mais registros MOL, cada um com campos de dados opcionais, separados por $$$$. |
| Arquivo ou forma | .smi ou texto simples | .sdf |
Formatos de arquivo explicados
O SMILES é uma representação compacta em texto da conectividade molecular. É prático para busca e troca, mas geralmente não inclui metadados detalhados.
O SDF é um formato de arquivo de dados de estrutura que pode armazenar um ou vários registros de moléculas, geralmente com blocos de átomos/ligações no estilo MOL, além de campos de propriedades opcionais. O SDF é comum em bibliotecas de triagem, conjuntos de dados de compostos e pipelines de quimioinformática.
Use SDF quando precisar de um arquivo que leve juntos registros de estrutura e propriedades dos compostos. Revise a estereoquímica e as coordenadas geradas antes de usar em lote.
Por que SDF
O SDF (structure-data file) armazena uma ou mais estruturas, cada uma como uma tabela de conexões MOL seguida de campos de dados nomeados opcionais e de um separador $$$$. É a forma padrão de transferir conjuntos de compostos entre ferramentas de quimioinformática, sistemas de registro de compostos e bancos de dados, porque propriedades como IDs, nomes ou resultados de ensaios podem acompanhar cada estrutura.
Como usar
- Cole um SMILES, por exemplo o do paracetamol,
CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O. - Converta e baixe o arquivo .sdf.
- Abra-o no seu software de química ou junte vários arquivos convertidos em uma biblioteca.
Exemplo de estrutura de um registro
- Linhas de cabeçalho e depois a linha de contagens, com o número de átomos e de ligações.
- O bloco de átomos (coordenadas e elementos) e o bloco de ligações.
M END, seguido de campos de dados como> <NAME>com um valor.$$$$para fechar o registro.
Perguntas frequentes
Qual a diferença entre SDF e MOL? Um arquivo MOL contém uma estrutura; um SDF pode conter várias, com dados. Posso voltar para identificadores? Sim, com SDF para InChIKey ou SDF para InChI.
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