Conversor de SMILES em PDBQT
Em resumo: converta uma string SMILES no formato PDBQT para docking molecular e fluxos no estilo AutoDock. É gratuito, funciona no navegador e não precisa de download.
Converta SMILES em PDBQT em duas etapas: gere um PDB 3D a partir do SMILES e depois transforme a estrutura em texto PDBQT pronto para docking.
Formatos de entrada e saída
| Entrada: SMILES | Saída: PDBQT | |
|---|---|---|
| Nome completo | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT (formato do AutoDock) |
| O que contém | Átomos, ligações, anéis, cargas e estereoquímica em uma única linha de texto. Sem coordenadas. | Coordenadas PDB mais cargas parciais (Q) e tipos de átomo do AutoDock (T), com dados de torção para ligantes. |
| Arquivo ou forma | .smi ou texto simples | .pdbqt |
Fluxo técnico
- Etapa 1: a ferramenta solicita coordenadas PDB 3D a um serviço público de conversão de SMILES.
- Etapa 2: as linhas de átomos do PDB são reescritas em registros no estilo PDBQT, com colunas de tipo de átomo e carga.
- Use este conversor rápido para rascunhos; ajuste a protonação e as torções no software de docking quando necessário.
Formatos de arquivo explicados
O SMILES é uma string compacta de conectividade. É bom para descrever um ligante rapidamente, mas não contém tipos de átomo de docking, cargas, torções nem coordenadas 3D.
O PDBQT é um formato de docking no estilo AutoDock. Ele armazena coordenadas semelhantes às do PDB, além de campos de carga parcial e tipo de átomo do AutoDock, e os arquivos de ligantes podem incluir registros da árvore de torções como ROOT, BRANCH, ENDBRANCH e TORSDOF.
Este conversor cria um rascunho de PDBQT no navegador. Para docking de produção no AutoDock Vina, revise hidrogênios, protonação, modelo de cargas, tipos de átomo e ligações rotacionáveis.
Última atualização: