SMILES 转 PDB 转换器
简而言之：将 SMILES 字符串转换为可下载的 3D PDB 文件。免费使用，在网页浏览器中运行，无需下载。
利用公共化学转换接口将 SMILES 字符串转换为 3D PDB 文件，可预览并下载生成的 PDB 文本。
PDB 输出将显示在这里。
输入与输出格式
| 输入：SMILES | 输出：PDB | |
|---|---|---|
| 全称 | SMILES（简化分子线性输入规范） | PDB（蛋白质数据库格式） |
| 包含的信息 | 以一行文本表示原子、化学键、环、电荷和立体化学，不含坐标。 | 按固定列存放的 3D 原子坐标，用于蛋白质和小分子。 |
| 文件或形式 | .smi 或纯文本 | .pdb |
文件格式说明
SMILES 是表示分子连接关系的紧凑文本标识符，便于粘贴和存储，但不包含明确的 3D 坐标。
PDB 以结构生物学格式保存原子坐标，适用于 3D 可视化、分子建模以及需要坐标文件的工作流程。
SMILES 转 PDB 是根据连接关系生成坐标草稿。在将 PDB 用于分子对接或计算化学之前，请验证立体化学、质子化状态和构象几何。
输出内容及用法
转换器根据 SMILES 的连接关系生成一个 3D 构象并写成 PDB，每个原子一行 HETATM 记录，给出以埃（Å）为单位的 x、y、z 坐标。可用于在 3D 软件中查看小分子、准备建模用配体，或为教学快速制作 3D 图。
使用方法
- 粘贴一个 SMILES，例如咖啡因
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C。 - 转换并预览 PDB 文本。
- 下载 .pdb 文件，并在分子查看器中打开。
注意事项
- 单一构象：柔性分子有许多构象。文件中只包含一个合理的几何结构，不一定是生物活性构象或能量最低构象。
- 立体化学：手性中心请用 @/@@ 指定，双键几何请用 / 或 \ 指定，否则可能随意选取。
- 键级：PDB 格式不能可靠地保存键级，因此有些程序会重新推断。如需保留键级，请考虑 SMILES 转 MOL2 或 SMILES 转 SDF。
如需使用 AutoDock 系列工具进行对接，请使用 SMILES 转 PDBQT。
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