Conversor de PDB em SMILES
Em resumo: Converta texto de estrutura PDB em SMILES usando um fluxo aproximado com um resolvedor químico público. É gratuito, funciona no seu navegador e não precisa de download.
Cole um texto PDB e converta-o em SMILES com um resolvedor aproximado. Para proteínas grandes, use blocos PDB só com o ligante.
Formatos de entrada e saída
| Entrada: PDB | Saída: SMILES | |
|---|---|---|
| Nome completo | PDB (formato Protein Data Bank) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| O que contém | Coordenadas atômicas 3D em colunas fixas. Usado para proteínas e moléculas pequenas. | Átomos, ligações, anéis, cargas e estereoquímica em uma única linha de texto. Sem coordenadas. |
| Arquivo ou forma | .pdb | .smi ou texto simples |
Formatos de arquivo explicados
PDB armazena coordenadas atômicas 3D, nomes de resíduos, cadeias, ocupação, fator B e dados dos elementos. É comum para proteínas, ligantes, estruturas cristalinas e visualização molecular.
SMILES armazena uma molécula como uma linha compacta de texto de conectividade. É melhor para moléculas pequenas e ligantes, não para macromoléculas proteicas inteiras.
Para melhores resultados, converta blocos PDB só com o ligante. Arquivos PDB de proteínas costumam ter muitos resíduos e não informar as ordens de ligação, então uma conversão direta de PDB em SMILES pode ser ambígua.
Convertendo ligantes de PDB em SMILES
Arquivos PDB armazenam coordenadas atômicas, principalmente de proteínas e ácidos nucleicos obtidos por cristalografia, RMN ou crio-ME. Ligantes de moléculas pequenas aparecem como registros HETATM. O formato muitas vezes não traz ordens de ligação explícitas para os ligantes, então converter coordenadas em uma string SMILES exige deduzir as ligações a partir das distâncias entre átomos e de modelos de resíduos. Por isso os resultados são aproximados.
Como obter bons resultados
- Extraia só o ligante: copie suas linhas HETATM (e as linhas CONECT dele, se houver) em vez da proteína inteira.
- Remova as moléculas de água (resíduo HOH) e íons não relacionados.
- Converta e confira o SMILES desenhando-o com SMILES para estrutura.
Problemas comuns
- Hidrogênios ausentes: a maioria das estruturas cristalinas omite os hidrogênios, então as ordens de ligação e as cargas podem precisar de verificação.
- Ordens de ligação erradas: anéis aromáticos e carbonilas podem ser atribuídos errado quando a geometria está distorcida; compare com a entrada do ligante no PDB Chemical Component Dictionary.
- Conformações alternativas: mantenha só uma (por exemplo altLoc A) para evitar átomos duplicados.
Para ver a própria proteína, use o visualizador de proteínas.
Última atualização: