Конвертер SMILES в PDB
Коротко: преобразуйте строку SMILES в загружаемый 3D-файл PDB. Бесплатно, работает в браузере и не требует загрузки.
Преобразуйте строку SMILES в 3D-файл PDB с помощью открытого химического сервиса конвертации. Сгенерированный текст PDB можно просмотреть и скачать.
Входной и выходной форматы
| Вход: SMILES | Выход: PDB | |
|---|---|---|
| Полное название | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB (формат Protein Data Bank) |
| Что содержит | Атомы, связи, циклы, заряды и стереохимию в одной строке текста. Без координат. | Трёхмерные координаты атомов в фиксированных столбцах. Используется для белков и малых молекул. |
| Файл или форма | .smi или обычный текст | .pdb |
Описание форматов файлов
SMILES — компактный текстовый идентификатор связности молекулы. Его легко вставлять и хранить, но он не содержит явных 3D-координат.
PDB хранит координаты атомов в формате структурной биологии. PDB удобен для 3D-визуализации, молекулярного моделирования и программ, которым нужны файлы координат.
Преобразование SMILES в PDB создаёт черновик координат по связности. Проверьте стереохимию, протонирование и геометрию конформера, прежде чем использовать PDB для докинга или вычислительной химии.
Что вы получаете и как это использовать
Конвертер строит 3D-конформер по связности SMILES и записывает его в формате PDB: по одной строке HETATM на атом с координатами x, y, z в ангстремах. Это полезно, чтобы посмотреть малую молекулу в 3D-программе, подготовить лиганд для моделирования или быстро сделать 3D-иллюстрацию для занятий.
Как пользоваться
- Вставьте SMILES, например кофеин
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C. - Выполните преобразование и просмотрите текст PDB.
- Скачайте файл .pdb и откройте его в программе просмотра молекул.
Что важно знать
- Один конформер: гибкие молекулы могут принимать много форм. Файл содержит одну разумную геометрию, не обязательно биоактивную или с наименьшей энергией.
- Стереохимия: указывайте @/@@ для хиральных центров и / или \ для геометрии двойных связей, иначе геометрия может быть выбрана произвольно.
- Порядки связей: формат PDB ненадёжно хранит порядки связей, поэтому некоторые программы определяют их заново. Если порядки связей нужно сохранить, используйте SMILES в MOL2 или SMILES в SDF.
Для докинга программами семейства AutoDock используйте SMILES в PDBQT.
Последнее обновление: