SMILES 轉 PDB 轉換器
重點摘要：將 SMILES 字串轉成可下載的 3D PDB 檔。免費、在網頁瀏覽器中執行，無需下載。
使用公開的化學轉換端點，將 SMILES 字串轉成 3D PDB 檔。您可以預覽並下載產生的 PDB 文字。
PDB 輸出會顯示在這裡。
輸入與輸出格式
| 輸入：SMILES | 輸出：PDB | |
|---|---|---|
| 全名 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB（Protein Data Bank 格式） |
| 內容 | 以一行文字表示原子、鍵、環、電荷與立體化學。不含座標。 | 以固定欄位表示的 3D 原子座標。用於蛋白質與小分子。 |
| 檔案或形式 | .smi 或純文字 | .pdb |
檔案格式說明
SMILES 是表示分子連接方式的精簡文字識別碼。方便貼上與儲存，但不含明確的 3D 座標。
PDB 以結構生物學格式儲存原子座標，適用於 3D 視覺化、分子模擬以及需要座標檔的流程。
SMILES 轉 PDB 會由連接方式產生座標草稿。將 PDB 用於分子對接或計算化學之前，請先確認立體化學、質子化狀態與構形幾何。
輸出內容與使用方式
轉換器會由 SMILES 的連接方式產生 3D 構形異構物，並寫成 PDB 格式，每個原子一行 HETATM，以埃（Å）為單位提供 x、y、z 座標。適合在 3D 軟體中檢視小分子、準備模擬用的配體，或為教學快速製作 3D 圖。
使用方式
- 貼上 SMILES，例如咖啡因
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C。 - 轉換並預覽 PDB 文字。
- 下載 .pdb 檔，並在分子檢視器中開啟。
注意事項
- 單一構形：柔性分子有許多形狀。檔案中只包含一個合理的幾何結構，不一定是生物活性構形或最低能量構形。
- 立體化學：掌性中心請以 @/@@ 指定，雙鍵幾何請以 / 或 \ 指定，否則幾何結構可能被任意選擇。
- 鍵級：PDB 格式無法可靠地儲存鍵級，因此有些程式會重新推斷。若需要保留鍵級，可考慮 SMILES 轉 MOL2 或 SMILES 轉 SDF。
若要使用 AutoDock 系列工具進行分子對接，請使用 SMILES 轉 PDBQT。
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