Conversor de PDB para PDBQT Online
Em resumo: Cole texto PDB, envie um arquivo .pdb ou importe pelo PDB ID para gerar um rascunho PDBQT com orientações sobre tipos de átomo do AutoDock, cargas, torções e formato. É gratuito, funciona no navegador e não exige download.
Cole uma estrutura PDB, envie um arquivo .pdb ou importe uma estrutura pelo PDB ID do Protein Data Bank e converta-a em PDBQT para pipelines de docking. Esta ferramenta no navegador adiciona as colunas de elemento e de carga/tipo no layout PDBQT para uma preparação rápida.
Entrada PDB
Cole texto PDB, envie um arquivo PDB local ou digite um PDB ID de 4 caracteres.
Saída PDBQT
Formatos de entrada e saída
| Entrada: PDB | Saída: PDBQT | |
|---|---|---|
| Nome completo | PDB (formato Protein Data Bank) | PDBQT (formato do AutoDock) |
| O que contém | Coordenadas atômicas 3D em colunas fixas. Usado para proteínas e moléculas pequenas. | Coordenadas PDB mais cargas parciais (Q) e tipos de átomo do AutoDock (T), com dados de torção para ligantes. |
| Arquivo ou forma | .pdb | .pdbqt |
Notas para fluxos de docking
- Esta ferramenta cria um layout de texto PDBQT prático diretamente no navegador, para prototipagem rápida.
- Para execuções de docking de produção, você pode refinar o estado de protonação e as definições de torção no seu software de docking.
- Use esta página como utilitário de conversão rápida quando precisar de um rascunho PDBQT da estrutura.
Como converter PDB em PDBQT online
- Cole texto PDB, envie um arquivo .pdb local ou digite um PDB ID de 4 caracteres, como 1CRN.
- Clique em Converter para PDBQT. O conversor mantém as coordenadas ATOM/HETATM e escreve os campos de carga e tipo de átomo do AutoDock no estilo PDBQT.
- Copie ou baixe o arquivo .pdbqt gerado para preparação de docking, verificações rápidas ou exemplos em aula.
- Antes de um docking real, revise hidrogênios, protonação, cargas, tipos de átomo, ligações flexíveis e a limpeza do receptor no seu fluxo de docking.
PDB vs PDBQT
O PDB é um formato geral de coordenadas da biologia estrutural. O PDBQT é muito usado por ferramentas de docking do tipo AutoDock porque contém a tipagem atômica e as cargas parciais necessárias nos cálculos de docking.
| Formato | O que armazena | Uso comum |
|---|---|---|
| PDB | Nomes de átomos, nomes de resíduos, cadeias, coordenadas, ocupação, fator B e símbolos dos elementos. | Estruturas de proteínas, ligantes, arquivos de cristalografia, visualização e intercâmbio em biologia estrutural. |
| PDBQ | Coordenadas no estilo PDB mais informações de carga parcial. | Fluxos antigos de preparação para docking em que a carga é necessária, mas o tipo de átomo do AutoDock não é armazenado como no PDBQT. |
| PDBQT | Coordenadas no estilo PDB mais campos de carga parcial e tipo de átomo do AutoDock. Ligantes podem incluir registros da árvore de torções. | AutoDock, AutoDock Vina, pipelines de docking, preparação de ligante/receptor e tutoriais de docking. |
Ferramentas de docking e estrutura relacionadas
Formato PDBQT explicado
Um arquivo PDBQT é parecido com um arquivo PDB, mas as ferramentas de docking leem campos extras perto do fim de cada linha de átomo. A parte Q representa a carga parcial e a parte T representa o tipo de átomo do AutoDock.
ATOM 1 N ALA A 1 11.104 13.207 9.142 1.00 20.00 -0.346 N ATOM 2 CA ALA A 1 12.560 13.320 9.420 1.00 20.00 0.186 C HETATM 3 O LIG L 1 10.440 11.980 8.500 1.00 20.00 -0.508 OA
Tipos de átomo
Tipos de átomo do AutoDock, como C, N, OA, SA, HD, Cl e Zn, indicam ao software de docking como cada átomo deve ser interpretado na pontuação (scoring).
Cargas
O PDBQT armazena cargas parciais. Este conversor rápido no navegador escreve um campo de carga neutro provisório, por isso o docking de produção ainda deve atribuir cargas adequadas com uma ferramenta de preparação dedicada.
Torções
Arquivos PDBQT de ligantes flexíveis podem incluir os registros ROOT, BRANCH, ENDBRANCH e TORSDOF para descrever ligações rotacionáveis e graus de liberdade torcionais.
Receptores vs ligantes
A preparação de PDBQT de receptores geralmente se concentra em limpeza, hidrogênios, cargas e tipos de átomo. A preparação de PDBQT de ligantes também exige o tratamento das ligações rotacionáveis e da árvore de torções.
Checklist de PDBQT para AutoDock Vina
Use este checklist ao preparar arquivos PDBQT para AutoDock, AutoDock Vina ou fluxos de docking relacionados.
- Limpe o PDB: remova águas irrelevantes, cadeias duplicadas, conformações alternativas e ligantes que não sejam o alvo, a menos que sejam necessários.
- Adicione hidrogênios: os escores de docking são sensíveis à posição dos hidrogênios, especialmente hidrogênios polares e doadores de ligação de hidrogênio.
- Verifique a protonação: escolha o estado de protonação esperado no pH do ensaio ou na condição biológica.
- Atribua cargas: use um fluxo de preparação para docking para obter cargas parciais realistas antes do docking final.
- Revise os tipos de átomo: metais, halogênios, enxofre, fósforo e átomos carregados podem exigir uma tipagem atômica cuidadosa.
- Trate as torções: arquivos PDBQT de ligantes devem definir corretamente as ligações rotacionáveis; arquivos de receptor geralmente são rígidos, a menos que cadeias laterais flexíveis sejam preparadas à parte.
- Valide a saída: abra o PDBQT na sua ferramenta de docking ou visualização antes de iniciar um job em lote demorado.
PDBQT para PDB: o que acontece no sentido inverso?
Buscas como conversor de PDBQT para PDB geralmente indicam que o usuário quer um arquivo de coordenadas simples para visualização. Um arquivo PDBQT muitas vezes pode ser reduzido de volta a registros ATOM/HETATM no estilo PDB removendo os metadados de carga, tipo de átomo e árvore de torções. No entanto, o PDB não consegue preservar registros específicos do AutoDock, como ROOT, BRANCH, ENDBRANCH e TORSDOF.
Perguntas frequentes
PDBQT é o mesmo que PDB?
Não. O PDB é um formato geral de coordenadas. O PDBQT é um formato de docking que adiciona campos de carga parcial e tipo de átomo do AutoDock e pode incluir a árvore de torções para ligantes flexíveis.
Por que o AutoDock e o Vina precisam de PDBQT?
Os programas de docking precisam de tipagem atômica e informações de carga para a pontuação e a avaliação das interações. Sozinho, o PDB geralmente não contém informações suficientes específicas para docking.
Esta ferramenta calcula cargas de Gasteiger reais?
Não. Esta página cria no navegador um rascunho PDBQT rápido com um campo de carga neutro. Use um fluxo completo de preparação para docking para a atribuição final das cargas.
Posso importar diretamente do Protein Data Bank?
Sim. Digite um PDB ID de 4 caracteres, como 1CRN, e a ferramenta importa o arquivo PDB do RCSB antes de gerar o rascunho PDBQT.
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