Chuyển SMILES sang PDB
Tóm tắt: Chuyển chuỗi SMILES thành tệp PDB 3D tải xuống được. Miễn phí, chạy trên trình duyệt web và không cần tải xuống.
Chuyển chuỗi SMILES thành tệp PDB 3D bằng dịch vụ chuyển đổi hóa học công khai. Bạn có thể xem trước và tải văn bản PDB được tạo.
Định dạng đầu vào và đầu ra
| Đầu vào: SMILES | Đầu ra: PDB | |
|---|---|---|
| Tên đầy đủ | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB (định dạng Protein Data Bank) |
| Nội dung lưu trữ | Nguyên tử, liên kết, vòng, điện tích và lập thể trên một dòng văn bản. Không có tọa độ. | Tọa độ nguyên tử 3D theo các cột cố định. Dùng cho protein và phân tử nhỏ. |
| Tệp hoặc dạng | .smi hoặc văn bản thuần | .pdb |
Giải thích định dạng tệp
SMILES là mã định danh văn bản gọn cho cách liên kết trong phân tử. Dễ dán và lưu trữ, nhưng không chứa tọa độ 3D tường minh.
PDB lưu tọa độ nguyên tử theo định dạng của sinh học cấu trúc. PDB hữu ích cho hiển thị 3D, mô hình hóa phân tử và các quy trình cần tệp tọa độ.
Chuyển SMILES sang PDB tạo bản nháp tọa độ từ thông tin liên kết. Hãy kiểm tra lập thể, trạng thái proton hóa và hình học cấu dạng trước khi dùng PDB cho docking hoặc hóa tính toán.
Bạn nhận được gì và cách sử dụng
Công cụ tạo một cấu dạng 3D từ thông tin liên kết trong SMILES và ghi dưới dạng PDB, mỗi nguyên tử một dòng HETATM với tọa độ x, y, z theo ångström. Điều này hữu ích để xem phân tử nhỏ trong phần mềm 3D, chuẩn bị phối tử cho mô hình hóa, hoặc tạo nhanh hình 3D cho giảng dạy.
Cách sử dụng
- Dán SMILES, ví dụ caffeine
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C. - Chuyển đổi và xem trước văn bản PDB.
- Tải tệp .pdb và mở trong phần mềm xem phân tử.
Những điều cần biết
- Một cấu dạng: phân tử linh động có nhiều hình dạng. Tệp chứa một hình học hợp lý, không nhất thiết là cấu dạng có hoạt tính sinh học hay năng lượng thấp nhất.
- Lập thể: ghi rõ @/@@ cho tâm bất đối và / hoặc \ cho hình học liên kết đôi, nếu không hình học có thể được chọn tùy ý.
- Bậc liên kết: định dạng PDB không lưu bậc liên kết một cách tin cậy, nên một số chương trình phải suy lại. Nếu cần giữ bậc liên kết, hãy cân nhắc SMILES sang MOL2 hoặc SMILES sang SDF.
Để docking với các công cụ họ AutoDock, hãy dùng SMILES sang PDBQT.
Cập nhật lần cuối: