Convertitore da SMILES a PDB
In breve: Converti una stringa SMILES in un file PDB 3D scaricabile. È gratuito, funziona nel browser e non richiede download.
Converti una stringa SMILES in un file PDB 3D tramite un servizio pubblico di conversione chimica. Puoi visualizzare in anteprima e scaricare il testo PDB generato.
Formati di input e output
| Input: SMILES | Output: PDB | |
|---|---|---|
| Nome completo | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB (formato Protein Data Bank) |
| Cosa contiene | Atomi, legami, anelli, cariche e stereochimica in una sola riga di testo. Nessuna coordinata. | Coordinate atomiche 3D in colonne fisse. Usato per proteine e piccole molecole. |
| File o forma | .smi o testo semplice | .pdb |
Formati di file spiegati
SMILES è un identificatore testuale compatto della connettività molecolare. È facile da incollare e salvare, ma non contiene coordinate 3D esplicite.
PDB memorizza le coordinate degli atomi in un formato della biologia strutturale. È utile per la visualizzazione 3D, la modellistica molecolare e i flussi di lavoro che richiedono file di coordinate.
Una conversione da SMILES a PDB genera una bozza di coordinate a partire dalla connettività. Verifica stereochimica, protonazione e geometria del conformero prima di usare il PDB per docking o chimica computazionale.
Cosa ottieni e come usarlo
Il convertitore genera un conformero 3D dalla connettività dello SMILES e lo scrive in formato PDB, con una riga HETATM per atomo che ne riporta le coordinate x, y, z in ångström. È utile per visualizzare una piccola molecola in software 3D, preparare un ligando per la modellistica o creare rapidamente un'immagine 3D per la didattica.
Come si usa
- Incolla uno SMILES, per esempio la caffeina
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C. - Converti e visualizza l'anteprima del testo PDB.
- Scarica il file .pdb e aprilo in un visualizzatore molecolare.
Cose da sapere
- Un solo conformero: le molecole flessibili hanno molte forme. Il file contiene una geometria ragionevole, non necessariamente quella bioattiva o a energia minima.
- Stereochimica: specifica @/@@ per i centri chirali e / o \ per la geometria dei doppi legami, altrimenti la geometria potrebbe essere scelta arbitrariamente.
- Ordini di legame: il formato PDB non memorizza in modo affidabile gli ordini di legame, quindi alcuni programmi li ricavano di nuovo. Se ti serve conservarli, valuta Da SMILES a MOL2 o Da SMILES a SDF.
Per il docking con gli strumenti della famiglia AutoDock, usa Da SMILES a PDBQT.
Ultimo aggiornamento: