SMILES’tan PDB’ye Dönüştürücü
Kısaca: Bir SMILES dizesini indirilebilir 3B PDB dosyasına dönüştürün. Ücretsizdir, web tarayıcınızda çalışır ve indirme gerektirmez.
Herkese açık bir kimya dönüştürme servisiyle bir SMILES dizesini 3B PDB dosyasına dönüştürün. Oluşturulan PDB metnini önizleyebilir ve indirebilirsiniz.
Girdi ve çıktı biçimleri
| Girdi: SMILES | Çıktı: PDB | |
|---|---|---|
| Tam adı | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB (Protein Data Bank biçimi) |
| Ne içerir | Atomlar, bağlar, halkalar, yükler ve stereokimya tek satırlık metin olarak. Koordinat yok. | Sabit sütunlarda 3B atom koordinatları. Proteinler ve küçük moleküller için kullanılır. |
| Dosya veya biçim | .smi veya düz metin | .pdb |
Dosya biçimi açıklaması
SMILES, moleküler bağlantılar için kompakt bir metin tanımlayıcısıdır. Yapıştırması ve saklaması kolaydır, ancak açık 3B koordinatlar içermez.
PDB, atom koordinatlarını bir yapısal biyoloji biçiminde saklar. PDB; 3B görselleştirme, moleküler modelleme ve koordinat dosyası bekleyen iş akışları için kullanışlıdır.
SMILES’tan PDB’ye dönüşüm, bağlantılardan bir koordinat taslağı oluşturur. PDB’yi docking veya hesaplamalı kimyada kullanmadan önce stereokimyayı, protonlanmayı ve konformer geometrisini doğrulayın.
Ne elde edersiniz ve nasıl kullanırsınız
Dönüştürücü SMILES bağlantılarından bir 3B konformer oluşturur ve bunu, her atom için x, y, z koordinatlarını ångström cinsinden veren bir HETATM satırıyla PDB olarak yazar. Bu, küçük bir molekülü 3B yazılımda görüntülemek, modelleme için bir ligant hazırlamak veya öğretim için hızlı bir 3B görsel oluşturmak için kullanışlıdır.
Nasıl kullanılır
- Bir SMILES yapıştırın, örneğin kafein
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C. - Dönüştürün ve PDB metnini önizleyin.
- .pdb dosyasını indirin ve bir molekül görüntüleyicide açın.
Bilinmesi gerekenler
- Tek konformer: esnek moleküllerin birçok şekli vardır. Dosya, biyoaktif veya en düşük enerjili olması gerekmeyen makul bir geometri içerir.
- Stereokimya: kiral merkezler için @/@@, çift bağ geometrisi için / veya \ belirtin; aksi halde geometri rastgele seçilebilir.
- Bağ dereceleri: PDB biçimi bağ derecelerini güvenilir şekilde saklamaz, bu yüzden bazı programlar onları yeniden çıkarır. Bağ derecelerinin korunması gerekiyorsa SMILES’tan MOL2’ye veya SMILES’tan SDF’ye araçlarını düşünün.
AutoDock ailesi araçlarla docking için SMILES’tan PDBQT’ye aracını kullanın.
Son güncelleme: