Konverter SMILES ke PDB
Singkatnya: Ubah string SMILES menjadi file PDB 3D yang dapat diunduh. Gratis, berjalan di peramban web Anda, dan tidak perlu diunduh.
Ubah string SMILES menjadi file PDB 3D menggunakan endpoint konversi kimia publik. Anda dapat melihat pratinjau dan mengunduh teks PDB yang dihasilkan.
Format masukan dan keluaran
| Masukan: SMILES | Keluaran: PDB | |
|---|---|---|
| Nama lengkap | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB (format Protein Data Bank) |
| Isi data | Atom, ikatan, cincin, muatan, dan stereo dalam satu baris teks. Tanpa koordinat. | Koordinat atom 3D dalam kolom tetap. Dipakai untuk protein dan molekul kecil. |
| File atau bentuk | .smi atau teks biasa | .pdb |
Penjelasan Format File
SMILES adalah pengenal teks ringkas untuk konektivitas molekul. Mudah ditempel dan disimpan, tetapi tidak berisi koordinat 3D eksplisit.
PDB menyimpan koordinat atom dalam format biologi struktural. PDB berguna untuk visualisasi 3D, pemodelan molekul, dan alur kerja yang memerlukan file koordinat.
Konversi SMILES ke PDB menghasilkan draf koordinat dari konektivitas. Validasi stereokimia, protonasi, dan geometri konformer sebelum menggunakan PDB untuk docking atau kimia komputasi.
Apa yang Anda dapatkan dan cara menggunakannya
Konverter menghasilkan konformer 3D dari konektivitas SMILES dan menuliskannya sebagai PDB, dengan satu baris HETATM per atom yang memuat koordinat x, y, z dalam ångström. Ini berguna untuk melihat molekul kecil di perangkat lunak 3D, menyiapkan ligan untuk pemodelan, atau membuat gambar 3D cepat untuk pengajaran.
Cara menggunakannya
- Tempel SMILES, misalnya kafein
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C. - Konversi dan pratinjau teks PDB.
- Unduh file .pdb dan buka di penampil molekul.
Hal yang perlu diketahui
- Satu konformer: molekul yang fleksibel memiliki banyak bentuk. File ini berisi satu geometri yang wajar, belum tentu yang bioaktif atau berenergi terendah.
- Stereokimia: tentukan @/@@ untuk pusat kiral dan / atau \ untuk geometri ikatan rangkap, jika tidak geometrinya mungkin dipilih secara acak.
- Orde ikatan: format PDB tidak menyimpan orde ikatan secara andal, sehingga beberapa program memperkirakannya ulang. Jika Anda perlu mempertahankan orde ikatan, pertimbangkan SMILES ke MOL2 atau SMILES ke SDF.
Untuk docking dengan perangkat keluarga AutoDock, gunakan SMILES ke PDBQT.
Terakhir diperbarui: