Convertisseur SMILES en PDB
En bref : convertissez un SMILES en fichier PDB 3D téléchargeable. Il est gratuit, fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.
Convertissez un SMILES en fichier PDB 3D grâce à un service public de conversion chimique. Vous pouvez prévisualiser et télécharger le texte PDB généré.
Formats d'entrée et de sortie
| Entrée : SMILES | Sortie : PDB | |
|---|---|---|
| Nom complet | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB (format Protein Data Bank) |
| Contenu | Atomes, liaisons, cycles, charges et stéréochimie sur une seule ligne de texte. Pas de coordonnées. | Coordonnées atomiques 3D en colonnes fixes. Utilisé pour les protéines et les petites molécules. |
| Fichier ou forme | .smi ou texte brut | .pdb |
Les formats de fichier expliqués
SMILES est un identifiant textuel compact de la connectivité moléculaire. Il est facile à coller et à stocker, mais ne contient pas de coordonnées 3D explicites.
PDB stocke les coordonnées des atomes dans un format de biologie structurale. Le PDB est utile pour la visualisation 3D, la modélisation moléculaire et les workflows qui attendent des fichiers de coordonnées.
Une conversion SMILES en PDB génère une ébauche de coordonnées à partir de la connectivité. Vérifiez la stéréochimie, la protonation et la géométrie du conformère avant d'utiliser le PDB en docking ou en chimie computationnelle.
Ce que vous obtenez et comment l'utiliser
Le convertisseur génère un conformère 3D à partir de la connectivité du SMILES et l'écrit au format PDB, avec une ligne HETATM par atome donnant ses coordonnées x, y, z en ångströms. C'est utile pour visualiser une petite molécule dans un logiciel 3D, préparer un ligand pour la modélisation ou créer rapidement une image 3D pour l'enseignement.
Mode d'emploi
- Collez un SMILES, par exemple la caféine
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C. - Convertissez et prévisualisez le texte PDB.
- Téléchargez le fichier .pdb et ouvrez-le dans un visualiseur moléculaire.
À savoir
- Un seul conformère : les molécules flexibles adoptent de nombreuses formes. Le fichier contient une géométrie raisonnable, pas forcément la conformation bioactive ou de plus basse énergie.
- Stéréochimie : indiquez @/@@ pour les centres stéréogènes et / ou \ pour la géométrie des doubles liaisons, sinon la géométrie peut être choisie arbitrairement.
- Ordres de liaison : le format PDB ne stocke pas les ordres de liaison de façon fiable, et certains logiciels les redéduisent. Pour les conserver, préférez SMILES en MOL2 ou SMILES en SDF.
Pour le docking avec les outils de la famille AutoDock, utilisez SMILES en PDBQT.
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