SMILES→PDB変換ツール
概要：SMILES文字列をダウンロード可能な3D PDBファイルに変換します。無料でWebブラウザ上で動作し、インストールは不要です。
公開の化学変換エンドポイントを使って、SMILES文字列を3D PDBファイルに変換します。生成されたPDBテキストはプレビューとダウンロードができます。
ここにPDBが表示されます。
入力形式と出力形式
| 入力：SMILES | 出力：PDB | |
|---|---|---|
| 正式名称 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB（Protein Data Bank形式） |
| 含まれる情報 | 原子、結合、環、電荷、立体化学を1行のテキストで表現。座標は含まない。 | 固定カラムの3D原子座標。タンパク質と低分子に使われます。 |
| ファイル・形式 | .smi またはプレーンテキスト | .pdb |
ファイル形式の解説
SMILESは分子の結合関係を表すコンパクトなテキスト識別子です。貼り付けや保存は簡単ですが、明示的な3D座標は含みません。
PDBは構造生物学で使われる形式で、原子座標を格納します。3D可視化、分子モデリング、座標ファイルを前提とする作業に役立ちます。
SMILESからPDBへの変換では、結合関係から座標の下書きを生成します。ドッキングや計算化学でPDBを使う前に、立体化学、プロトン化状態、配座の形状を確認してください。
得られるものと使い方
この変換ツールはSMILESの結合関係から3D配座を生成してPDBとして書き出します。各原子につき1行のHETATM行があり、x、y、zの座標がÅ単位で記されます。3Dソフトウェアでの低分子の表示、モデリング用のリガンド準備、授業用の簡単な3D図の作成に役立ちます。
使い方
- SMILESを貼り付けます（例：カフェイン
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C）。 - 変換してPDBテキストをプレビューします。
- .pdbファイルをダウンロードし、分子ビューアで開きます。
知っておきたいこと
- 配座は1つ：柔軟な分子は多くの形をとります。ファイルに含まれるのは妥当な形状の1つで、生理活性配座や最安定配座とは限りません。
- 立体化学：キラル中心には@/@@を、二重結合の幾何配置には/や\を指定してください。指定しないと形状が任意に選ばれることがあります。
- 結合次数：PDB形式では結合次数が確実には保存されないため、プログラムによっては再推定されます。結合次数を保持したい場合はSMILES→MOL2やSMILES→SDFを検討してください。
AutoDock系のツールでドッキングするにはSMILES→PDBQTを使ってください。
最終更新：