SMILES → PDB 변환기
요약: SMILES 문자열을 다운로드 가능한 3D PDB 파일로 변환하세요. 무료이며 웹 브라우저에서 작동하고 다운로드가 필요 없습니다.
공개 화학 변환 엔드포인트를 사용해 SMILES 문자열을 3D PDB 파일로 변환합니다. 생성된 PDB 텍스트를 미리 보고 다운로드할 수 있습니다.
PDB 출력이 여기에 표시됩니다.
입력 및 출력 형식
| 입력: SMILES | 출력: PDB | |
|---|---|---|
| 정식 명칭 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB (Protein Data Bank 형식) |
| 담고 있는 정보 | 원자, 결합, 고리, 전하, 입체화학을 한 줄의 텍스트로 표현합니다. 좌표는 없습니다. | 고정 열 형식의 3D 원자 좌표. 단백질과 저분자에 사용됩니다. |
| 파일 또는 형태 | .smi 또는 일반 텍스트 | .pdb |
파일 형식 설명
SMILES는 분자의 연결 정보를 나타내는 간결한 텍스트 식별자입니다. 붙여 넣고 저장하기 쉽지만 명시적인 3D 좌표는 없습니다.
PDB는 구조 생물학 형식으로 원자 좌표를 저장합니다. 3D 시각화, 분자 모델링, 좌표 파일이 필요한 작업에 유용합니다.
SMILES → PDB 변환은 연결 정보로 좌표 초안을 만듭니다. 도킹이나 계산 화학에 PDB를 쓰기 전에 입체화학, 양성자화 상태, 형태 구조를 확인하세요.
결과물과 활용 방법
변환기는 SMILES 연결 정보로 3D 형태를 생성해 PDB로 씁니다. 원자마다 HETATM 한 줄에 ångström 단위 x, y, z 좌표가 들어갑니다. 3D 소프트웨어로 작은 분자를 보거나, 모델링용 리간드를 준비하거나, 수업용 3D 그림을 빠르게 만들 때 유용합니다.
사용 방법
- SMILES를 붙여 넣으세요. 예: 카페인
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C. - 변환하고 PDB 텍스트를 미리 보세요.
- .pdb 파일을 다운로드해 분자 뷰어에서 여세요.
알아 둘 점
- 형태 하나: 유연한 분자는 모양이 많습니다. 파일에는 합리적인 구조 하나가 들어 있으며, 반드시 생체 활성 형태나 최저 에너지 형태는 아닙니다.
- 입체화학: 키랄 중심에는 @/@@를, 이중 결합 기하에는 / 또는 \를 지정하세요. 그렇지 않으면 구조가 임의로 정해질 수 있습니다.
- 결합 차수: PDB 형식은 결합 차수를 신뢰성 있게 저장하지 못해 일부 프로그램은 다시 추론합니다. 결합 차수를 보존해야 한다면 SMILES → MOL2나 SMILES → SDF를 고려하세요.
AutoDock 계열 도구로 도킹하려면 SMILES → PDBQT를 사용하세요.
최종 업데이트: