Convertidor de SMILES a PDB
En resumen: convierte una cadena SMILES en un archivo PDB 3D descargable. Es gratuito, funciona en tu navegador y no requiere descargas.
Convierte una cadena SMILES en un archivo PDB 3D mediante un servicio público de conversión química. Puedes previsualizar y descargar el texto PDB generado.
Formatos de entrada y salida
| Entrada: SMILES | Salida: PDB | |
|---|---|---|
| Nombre completo | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDB (formato Protein Data Bank) |
| Qué contiene | Átomos, enlaces, anillos, cargas y estereoquímica en una sola línea de texto. Sin coordenadas. | Coordenadas atómicas 3D en columnas fijas. Se usa para proteínas y moléculas pequeñas. |
| Archivo o forma | .smi o texto plano | .pdb |
Formatos de archivo
SMILES es un identificador de texto compacto para la conectividad molecular. Es fácil de pegar y almacenar, pero no contiene coordenadas 3D explícitas.
PDB almacena las coordenadas atómicas en un formato de biología estructural. El PDB es útil para la visualización 3D, el modelado molecular y los flujos de trabajo que esperan archivos de coordenadas.
Una conversión de SMILES a PDB genera un borrador de coordenadas a partir de la conectividad. Valida la estereoquímica, la protonación y la geometría del confórmero antes de usar el PDB en acoplamiento molecular o química computacional.
Qué obtienes y cómo usarlo
El convertidor genera un confórmero 3D a partir de la conectividad del SMILES y lo escribe en formato PDB, con una línea HETATM por átomo que indica sus coordenadas x, y, z en ángstroms. Es útil para ver una molécula pequeña en software 3D, preparar un ligando para modelado o crear una imagen 3D rápida para la docencia.
Cómo usarlo
- Pega un SMILES, por ejemplo el de la cafeína,
CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C. - Convierte y previsualiza el texto PDB.
- Descarga el archivo .pdb y ábrelo en un visor molecular.
Lo que debes saber
- Un solo confórmero: las moléculas flexibles adoptan muchas formas. El archivo contiene una geometría razonable, no necesariamente la bioactiva ni la de menor energía.
- Estereoquímica: indica @/@@ para los centros quirales y / o \ para la geometría de los dobles enlaces; de lo contrario, la geometría puede elegirse de forma arbitraria.
- Órdenes de enlace: el formato PDB no almacena de forma fiable los órdenes de enlace, por lo que algunos programas los vuelven a deducir. Si necesitas conservarlos, considera SMILES a MOL2 o SMILES a SDF.
Para el acoplamiento con herramientas de la familia AutoDock, usa SMILES a PDBQT.
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