Do czego służy konwerter PDB na PDBQT?

Konwerter PDB na PDBQT przekształca tekst współrzędnych PDB do formatu w stylu PDBQT używanego w AutoDock i pokrewnych procedurach dokowania molekularnego. PDBQT dodaje do współrzędnych w stylu PDB pola typu atomu i ładunku.

Czym różni się PDB od PDBQT?

PDB przechowuje współrzędne atomów i rekordy struktury. PDBQT to format przeznaczony do dokowania, który rozszerza współrzędne w stylu PDB o ładunki cząstkowe i typy atomów AutoDock.

Co zawiera format PDBQT?

PDBQT zachowuje współrzędne atomów w stylu PDB i dodaje pola ładunku cząstkowego oraz typu atomu AutoDock. Pliki PDBQT ligandów mogą też zawierać rekordy ROOT, BRANCH, ENDBRANCH, TORSDOF i drzewa torsji.

Czy mogę użyć tego wyniku PDBQT bezpośrednio w AutoDock Vina?

Ten konwerter w przeglądarce tworzy szybką wersję roboczą PDBQT. Do właściwego dokowania w AutoDock Vina sprawdź protonowanie, wodory, ładunki, typy atomów, oczyszczenie receptora, wiązania rotacyjne ligandu i definicje torsji w narzędziu do przygotowania dokowania.

Czy mogę przekonwertować PDBQT z powrotem na PDB?

Plik PDBQT często można sprowadzić do rekordów współrzędnych w stylu PDB, usuwając ładunki, typy atomów i metadane torsji specyficzne dla dokowania, ale PDB nie zachowa informacji o drzewie torsji AutoDock.

Konwerter PDB na PDBQT online

W skrócie: wklej tekst PDB, prześlij plik .pdb lub zaimportuj po identyfikatorze PDB, aby wygenerować wersję roboczą PDBQT z typami atomów AutoDock, ładunkami, torsjami i opisem formatu. Narzędzie jest darmowe, działa w przeglądarce i nie wymaga instalacji.

Wklej strukturę PDB, prześlij plik .pdb lub zaimportuj strukturę po identyfikatorze PDB z Protein Data Bank, a następnie przekonwertuj ją na PDBQT do potoków dokowania. To narzędzie w przeglądarce dodaje kolumny pierwiastka oraz ładunku/typu w układzie PDBQT, co przyspiesza przygotowanie.

Krótka odpowiedź: PDB przechowuje współrzędne struktury, a PDBQT to format do dokowania zawierający współrzędne w stylu PDB oraz pola ładunku cząstkowego i typu atomu AutoDock. Użyj tego narzędzia, aby szybko uzyskać wersję roboczą PDBQT z wklejonego tekstu, lokalnego pliku PDB lub identyfikatora RCSB PDB przed dokładniejszym przygotowaniem ligandu lub receptora.

Wejście PDB

Prześlij plik .pdb

Wklej tekst PDB, prześlij lokalny plik PDB lub wpisz 4-znakowy identyfikator PDB.

Wynik PDBQT

Gotowe.

Formaty wejściowe i wyjściowe

	Dane wejściowe: PDB	Wynik: PDBQT
Pełna nazwa	PDB (format Protein Data Bank)	PDBQT (format AutoDock)
Co zawiera	Współrzędne atomów 3D w stałych kolumnach. Używany dla białek i małych cząsteczek.	Współrzędne PDB plus ładunki cząstkowe (Q) i typy atomów AutoDock (T), z danymi torsji dla ligandów.
Plik lub forma	.pdb	.pdbqt

Uwagi do procedur dokowania

To narzędzie tworzy praktyczny układ tekstu PDBQT bezpośrednio w przeglądarce do szybkiego prototypowania.
Przy właściwych obliczeniach dokowania możesz dodatkowo dopracować stan protonowania i definicje torsji w swoim pakiecie do dokowania.
Używaj tej strony jako szybkiego narzędzia konwersji, gdy potrzebujesz szybkiej wersji roboczej struktury PDBQT.

Jak przekonwertować PDB na PDBQT online

Wklej tekst PDB, prześlij lokalny plik .pdb lub wpisz 4-znakowy identyfikator PDB, np. 1CRN.
Kliknij Konwertuj na PDBQT. Konwerter zachowuje współrzędne ATOM/HETATM i zapisuje pola ładunku oraz typu atomu AutoDock w stylu PDBQT.
Skopiuj lub pobierz wygenerowany plik .pdbqt do przygotowania dokowania, szybkiego sprawdzenia lub przykładów dydaktycznych.
Przed właściwym dokowaniem sprawdź wodory, protonowanie, ładunki, typy atomów, wiązania elastyczne i oczyszczenie receptora w swojej procedurze dokowania.

PDB a PDBQT

PDB to ogólny format współrzędnych biologii strukturalnej. PDBQT jest powszechnie używany przez narzędzia dokowania w stylu AutoDock, bo zawiera typy atomów i ładunki cząstkowe potrzebne w obliczeniach dokowania.

Format	Co przechowuje	Typowe zastosowanie
PDB	Nazwy atomów, nazwy reszt, łańcuchy, współrzędne, obsadzenie, czynnik B i symbole pierwiastków.	Struktury białek, ligandy, pliki krystalograficzne, wizualizacja i wymiana danych w biologii strukturalnej.
PDBQ	Współrzędne w stylu PDB plus informacja o ładunkach cząstkowych.	Starsze procedury przygotowania dokowania, w których potrzebny jest ładunek, ale typ atomu AutoDock nie jest zapisywany tak jak w PDBQT.
PDBQT	Współrzędne w stylu PDB plus pola ładunku cząstkowego i typu atomu AutoDock. Ligandy mogą zawierać rekordy drzewa torsji.	AutoDock, AutoDock Vina, potoki dokowania, przygotowanie ligandów/receptorów i samouczki dokowania.

Powiązane narzędzia do dokowania i struktur

Format PDBQT wyjaśniony

Plik PDBQT wygląda podobnie do pliku PDB, ale narzędzia dokowania odczytują dodatkowe pola na końcu każdej linii atomu. Część Q oznacza ładunek cząstkowy, a część T typ atomu AutoDock.

ATOM      1  N   ALA A   1      11.104  13.207   9.142  1.00 20.00    -0.346  N
ATOM      2  CA  ALA A   1      12.560  13.320   9.420  1.00 20.00     0.186  C
HETATM    3  O   LIG L   1      10.440  11.980   8.500  1.00 20.00    -0.508 OA

Typy atomów

Typy atomów AutoDock, takie jak C, N, OA, SA, HD, Cl i Zn, mówią programowi do dokowania, jak interpretować każdy atom podczas oceny.

Ładunki

PDBQT przechowuje ładunki cząstkowe. Ten szybki konwerter w przeglądarce zapisuje roboczo neutralne pole ładunku, więc przy właściwym dokowaniu nadal należy przypisać odpowiednie ładunki dedykowanym narzędziem do przygotowania.

Torsje

Pliki PDBQT elastycznych ligandów mogą zawierać rekordy ROOT, BRANCH, ENDBRANCH i TORSDOF opisujące wiązania rotacyjne i torsyjne stopnie swobody.

Receptory a ligandy

Przygotowanie PDBQT receptora skupia się zwykle na oczyszczeniu, wodorach, ładunkach i typach atomów. Przygotowanie PDBQT ligandu wymaga też obsługi wiązań rotacyjnych i drzewa torsji.

Ważne: wynik MolDraw w przeglądarce to szybka wersja robocza PDBQT. Do właściwej pracy w AutoDock Vina sprawdź stan protonowania, brakujące atomy, położenia alternatywne, cząsteczki wody, metale, kofaktory, model ładunków, typy atomów i elastyczność ligandu.

Lista kontrolna PDBQT dla AutoDock Vina

Korzystaj z tej listy przy przygotowywaniu plików PDBQT dla AutoDock, AutoDock Vina lub pokrewnych procedur dokowania.

Oczyść PDB: usuń zbędne cząsteczki wody, zduplikowane łańcuchy, konformacje alternatywne i ligandy niebędące celem, chyba że są potrzebne.
Dodaj wodory: wyniki dokowania są wrażliwe na położenie wodorów, zwłaszcza wodorów polarnych i donorów wiązań wodorowych.
Sprawdź protonowanie: wybierz stan protonowania oczekiwany przy pH testu lub w warunkach biologicznych.
Przypisz ładunki: przed końcowym dokowaniem użyj procedury przygotowania dokowania, aby uzyskać realistyczne ładunki cząstkowe.
Sprawdź typy atomów: metale, halogeny, siarka, fosfor i atomy naładowane mogą wymagać starannego przypisania typów.
Obsłuż torsje: pliki PDBQT ligandów powinny poprawnie definiować wiązania rotacyjne; pliki receptorów są zwykle sztywne, chyba że elastyczne łańcuchy boczne przygotowano osobno.
Zweryfikuj wynik: otwórz PDBQT w programie do dokowania lub wizualizacji przed uruchomieniem długiego zadania wsadowego.

PDBQT na PDB: co dzieje się w drugą stronę?

Wyszukiwania typu konwerter PDBQT na PDB zwykle oznaczają, że użytkownik chce prostego pliku współrzędnych do oglądania. Plik PDBQT często można sprowadzić z powrotem do rekordów ATOM/HETATM w stylu PDB, usuwając ładunki, typy atomów i metadane drzewa torsji. PDB nie zachowa jednak rekordów specyficznych dla AutoDock, takich jak ROOT, BRANCH, ENDBRANCH i TORSDOF.

Częste pytania

Czy PDBQT to to samo co PDB?

Nie. PDB to ogólny format współrzędnych. PDBQT to format do dokowania, który dodaje pola ładunku cząstkowego i typu atomu AutoDock i może zawierać drzewo torsji dla elastycznych ligandów.

Dlaczego AutoDock i Vina potrzebują PDBQT?

Programy do dokowania potrzebują typów atomów i ładunków do oceny i analizy oddziaływań. Sam PDB zwykle nie zawiera wystarczających informacji specyficznych dla dokowania.

Czy to narzędzie oblicza prawdziwe ładunki Gasteigera?

Nie. Ta strona tworzy w przeglądarce szybką wersję roboczą PDBQT z neutralnym polem ładunku. Do końcowego przypisania ładunków użyj pełnej procedury przygotowania dokowania.

Czy mogę importować bezpośrednio z Protein Data Bank?

Tak. Wpisz 4-znakowy identyfikator PDB, np. 1CRN, a narzędzie zaimportuje plik PDB z RCSB przed wygenerowaniem wersji roboczej PDBQT.

Ostatnia aktualizacja: 10 października 2026