Konwerter PDB na SMILES
W skrócie: Zamieniaj tekst struktury PDB na SMILES dzięki publicznym serwisom rozpoznawania struktur (z najlepszą możliwą dokładnością). Narzędzie jest darmowe, działa w przeglądarce i nie wymaga instalacji.
Wklej tekst PDB i zamień go na SMILES z najlepszą możliwą dokładnością. Dla dużych białek używaj bloków PDB zawierających tylko ligand.
Formaty wejściowe i wyjściowe
| Dane wejściowe: PDB | Wynik: SMILES | |
|---|---|---|
| Pełna nazwa | PDB (format Protein Data Bank) | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) |
| Co zawiera | Współrzędne atomów 3D w stałych kolumnach. Używany dla białek i małych cząsteczek. | Atomy, wiązania, pierścienie, ładunki i stereochemię w jednym wierszu tekstu. Bez współrzędnych. |
| Plik lub postać | .pdb | .smi lub zwykły tekst |
Formaty plików w skrócie
PDB przechowuje współrzędne atomów 3D, nazwy reszt, łańcuchy, obsadzenie, czynnik B i dane o pierwiastkach. Jest popularny dla białek, ligandów, struktur krystalicznych i wizualizacji cząsteczek.
SMILES przechowuje cząsteczkę jako zwarty wiersz tekstu opisujący połączenia. Najlepiej sprawdza się dla małych cząsteczek i ligandów, a nie całych makrocząsteczek białkowych.
Najlepsze wyniki daje konwersja bloków PDB zawierających tylko ligand. Pliki PDB białek często zawierają wiele reszt i brak informacji o rzędach wiązań, więc bezpośrednia konwersja PDB na SMILES może być niejednoznaczna.
Zamiana ligandów z PDB na SMILES
Pliki PDB przechowują współrzędne atomów, głównie białek i kwasów nukleinowych z krystalografii, NMR lub krio-EM. Ligandy małocząsteczkowe występują jako rekordy HETATM. Format często nie zawiera jawnych rzędów wiązań dla ligandów, więc zamiana współrzędnych na ciąg SMILES wymaga wywnioskowania wiązań z odległości między atomami i szablonów reszt. Dlatego wyniki są przybliżone.
Jak uzyskać dobre wyniki
- Wyodrębnij tylko ligand: skopiuj jego wiersze HETATM (i ewentualne wiersze CONECT), a nie całe białko.
- Usuń cząsteczki wody (nazwa reszty HOH) i niepowiązane jony.
- Przekonwertuj i sprawdź SMILES, rysując go narzędziem SMILES na strukturę.
Częste problemy
- Brakujące atomy wodoru: większość struktur krystalicznych pomija wodory, więc rzędy wiązań i ładunki mogą wymagać sprawdzenia.
- Błędne rzędy wiązań: pierścienie aromatyczne i grupy karbonylowe mogą zostać źle przypisane przy zniekształconej geometrii; porównaj z wpisem ligandu w PDB Chemical Component Dictionary.
- Konformacje alternatywne: zachowaj tylko jedną (np. altLoc A), aby uniknąć zduplikowanych atomów.
Aby obejrzeć samo białko, użyj przeglądarki białek.
Ostatnia aktualizacja: