Konwerter SMILES na strukturę 3D
W skrócie: konwertuj SMILES na interaktywną strukturę 3D. Narzędzie jest darmowe, działa w przeglądarce i nie wymaga instalacji.
Wklej ciąg SMILES, wygeneruj strukturę 3D za pomocą lekkiej biblioteki 3Dmol.js i pobierz ją w popularnych formatach graficznych i strukturalnych.
Wejście SMILES
Wynik: struktura 3D
Formaty wejściowe i wyjściowe
| Dane wejściowe: SMILES | Wynik: struktura 3D | |
|---|---|---|
| Pełna nazwa | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | Struktura 3D |
| Co zawiera | Atomy, wiązania, pierścienie, ładunki i stereochemia w jednej linii tekstu. Bez współrzędnych. | Model ze współrzędnymi x, y, z każdego atomu, pokazany jako obracany widok. |
| Plik lub forma | .smi lub zwykły tekst | Na ekranie, z pobieraniem plików |
Formaty plików w skrócie
SMILES to zwarty tekstowy zapis połączeń w cząsteczce. Świetnie nadaje się do wprowadzania danych, wyszukiwania i baz danych, ale nie zapisuje bezpośrednio końcowej konformacji 3D.
Formaty struktur 3D, takie jak SDF, XYZ, PDB, MOL, OBJ i X3D, przechowują współrzędne lub geometrię do renderowania. SDF i PDB to chemiczne formaty współrzędnych, XYZ to prosta tabela współrzędnych atomów, a OBJ/X3D to formaty modeli 3D do wizualizacji. Użyj konwertera XYZ / Gaussian na 2D, gdy chcesz zamienić pliki współrzędnych z powrotem na wywnioskowany rysunek 2D. Aby przewidzieć kształt VSEPR, kąty wiązań i hybrydyzację wokół atomu centralnego, wypróbuj kalkulator geometrii cząsteczek VSEPR.
Wygenerowane współrzędne 3D przydają się do wizualizacji i nauczania. Do dokowania, chemii kwantowej lub geometrii jakości publikacyjnej sprawdź protonowanie, stereochemię, jakość konformerów i optymalizację polem siłowym.
Potrzebujesz rysunku do sprawozdania? Rysuj struktury chemiczne online w MolDraw, darmowej alternatywie dla ChemDraw online.
Ostatnia aktualizacja: