Konwerter SMILES na MOL2
W skrócie: Zamieniaj ciągi SMILES na format MOL2 do dokowania i chemii medycznej. Narzędzie jest darmowe, działa w przeglądarce i nie wymaga instalacji.
Zamieniaj ciągi SMILES na format MOL2 zgodny z programami do dokowania i potokami obliczeniowymi.
Formaty wejściowe i wyjściowe
| Dane wejściowe: SMILES | Wynik: MOL2 | |
|---|---|---|
| Pełna nazwa | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2 (Tripos Mol2) |
| Co zawiera | Atomy, wiązania, pierścienie, ładunki i stereochemię w jednym wierszu tekstu. Bez współrzędnych. | Współrzędne 3D, wiązania, typy atomów i ładunki cząstkowe. |
| Plik lub postać | .smi lub zwykły tekst | .mol2 |
Formaty plików w skrócie
SMILES przechowuje połączenia w cząsteczce w krótkim wierszu tekstu. Przydaje się jako identyfikator, ale nie zawiera typów atomów Tripos ani sekcji cząsteczki.
MOL2 to format Tripos Mol2. Może przechowywać atomy, wiązania, podstruktury, typy atomów, współrzędne i ładunki, co czyni go przydatnym w dokowaniu, modelowaniu molekularnym i chemii medycznej.
Używaj MOL2, gdy program do dokowania lub modelowania oczekuje typów atomów Tripos lub pól ładunków. Przed właściwym dokowaniem sprawdź protonowanie, ładunki i wygenerowane współrzędne.
Kiedy potrzebny jest MOL2
MOL2 to popularny format wejściowy do dokowania, wirtualnych badań przesiewowych i mechaniki molekularnej. Oprócz współrzędnych przechowuje typy atomów SYBYL i ładunki cząstkowe, z których korzysta wiele programów do modelowania. Zamiana ciągu SMILES na MOL2 to szybki sposób na przygotowanie ligandu, gdy masz jego strukturę tylko w postaci tekstu.
Jak z niego korzystać
- Wklej SMILES swojego ligandu, np. ibuprofenu
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O. - Przekonwertuj i pobierz plik .mol2.
- Otwórz go w programie do modelowania lub dokowania.
Przed dokowaniem
- Protonowanie: ustal, który stan naładowania jest istotny przy docelowym pH. Kwas karboksylowy, taki jak ibuprofen, przy pH 7,4 jest w większości zdeprotonowany.
- Stereochemia: dla centrów chiralnych podaj @ lub @@ w SMILES; w przeciwnym razie wygenerowana geometria może wybrać jedno z nich dowolnie.
- Geometria: wygenerowane współrzędne 3D to konformer wyjściowy; zwykle zaleca się minimalizację energii w programie do modelowania.
Dla programów do dokowania wymagających PDBQT zobacz SMILES na PDBQT. Aby wrócić, użyj MOL2 na SMILES.
Ostatnia aktualizacja: