Konwerter SMILES na SDF
W skrócie: konwertuj ciągi SMILES do formatu SDF na potrzeby badań przesiewowych i zbiorów danych. Narzędzie jest darmowe, działa w przeglądarce i nie wymaga instalacji.
Konwertuj SMILES na SDF dla zbiorów danych i potoków wirtualnych badań przesiewowych.
Formaty wejściowe i wyjściowe
| Dane wejściowe: SMILES | Wynik: SDF | |
|---|---|---|
| Pełna nazwa | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | SDF (Structure Data File) |
| Co zawiera | Atomy, wiązania, pierścienie, ładunki i stereochemia w jednej linii tekstu. Bez współrzędnych. | Jeden lub więcej rekordów MOL, każdy z opcjonalnymi polami danych, rozdzielonych znakiem $$$$. |
| Plik lub forma | .smi lub zwykły tekst | .sdf |
Formaty plików w skrócie
SMILES to zwarty zapis tekstowy połączeń w cząsteczce. Jest wygodny do wyszukiwania i wymiany, ale zwykle nie zawiera bogatych metadanych.
SDF to format pliku danych strukturalnych, który może przechowywać jeden lub wiele rekordów cząsteczek, zwykle z blokami atomów/wiązań w stylu MOL oraz opcjonalnymi polami właściwości. SDF jest powszechny w bibliotekach do badań przesiewowych, zbiorach związków i potokach chemoinformatycznych.
Używaj SDF, gdy potrzebujesz pliku, który przechowuje razem rekordy struktur i właściwości związków. Przed użyciem wsadowym sprawdź stereochemię i wygenerowane współrzędne.
Dlaczego SDF
SDF (structure-data file) przechowuje jedną lub więcej struktur, każdą jako tabelę połączeń MOL, po której następują opcjonalne nazwane pola danych i separator $$$$. To standardowy sposób przenoszenia zestawów związków między narzędziami chemoinformatycznymi, systemami rejestracji związków i bazami danych, bo właściwości, takie jak identyfikatory, nazwy czy wyniki testów, mogą podróżować z każdą strukturą.
Jak z niego korzystać
- Wklej SMILES, np. paracetamol
CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O. - Przekonwertuj i pobierz plik .sdf.
- Otwórz go w swoim programie chemicznym albo połącz kilka przekonwertowanych plików w jedną bibliotekę.
Przykładowy układ rekordu
- Linie nagłówka, a potem linia liczników z liczbą atomów i wiązań.
- Blok atomów (współrzędne i pierwiastki) oraz blok wiązań.
M END, a potem ewentualne pola danych, np.> <NAME>, z wartością.$$$$zamykające rekord.
FAQ
Czym SDF różni się od MOL? Plik MOL zawiera jedną strukturę; SDF może zawierać wiele, z danymi. Czy mogę wrócić do identyfikatorów? Tak, za pomocą SDF na InChIKey lub SDF na InChI.
Ostatnia aktualizacja: