Konwerter SMILES na PDBQT
W skrócie: Zamieniaj ciąg SMILES na format PDBQT do dokowania molekularnego i pracy z AutoDock. Narzędzie jest darmowe, działa w przeglądarce i nie wymaga instalacji.
Zamień SMILES na PDBQT w dwóch krokach: wygeneruj PDB 3D ze SMILES, a następnie przekształć strukturę w tekst PDBQT gotowy do dokowania.
Formaty wejściowe i wyjściowe
| Dane wejściowe: SMILES | Wynik: PDBQT | |
|---|---|---|
| Pełna nazwa | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT (format AutoDock) |
| Co zawiera | Atomy, wiązania, pierścienie, ładunki i stereochemię w jednym wierszu tekstu. Bez współrzędnych. | Współrzędne PDB z ładunkami cząstkowymi (Q) i typami atomów AutoDock (T) oraz danymi o torsjach dla ligandów. |
| Plik lub postać | .smi lub zwykły tekst | .pdbqt |
Przebieg techniczny
- Krok 1: narzędzie pobiera współrzędne PDB 3D z publicznego serwisu konwersji SMILES.
- Krok 2: wiersze atomów PDB są przepisywane na rekordy w stylu PDBQT z kolumnami typu atomu i ładunku.
- Używaj tego szybkiego konwertera do wersji roboczych; w razie potrzeby dopracuj protonowanie i ustawienia torsji w programie do dokowania.
Formaty plików w skrócie
SMILES to zwarty ciąg opisujący połączenia. Dobrze nadaje się do szybkiego opisu ligandu, ale nie zawiera typów atomów do dokowania, ładunków, torsji ani współrzędnych 3D.
PDBQT to format dokowania w stylu AutoDock. Przechowuje współrzędne podobne do PDB oraz pola ładunku cząstkowego i typu atomu AutoDock, a pliki ligandów mogą zawierać rekordy drzewa torsji, takie jak ROOT, BRANCH, ENDBRANCH i TORSDOF.
Ten konwerter tworzy roboczy plik PDBQT w przeglądarce. Przed właściwym dokowaniem w AutoDock Vina sprawdź atomy wodoru, protonowanie, model ładunków, typy atomów i wiązania rotacyjne.
Ostatnia aktualizacja: