PDB→PDBQT変換ツール（オンライン）
概要：PDBテキストの貼り付け、.pdbファイルのアップロード、PDB IDからのインポートでPDBQTの下書きを生成し、AutoDock原子タイプ、電荷、トーション、フォーマットについても解説します。無料でWebブラウザ上で動作し、インストールは不要です。
PDB構造を貼り付けるか、.pdbファイルをアップロードするか、Protein Data BankからPDB IDで構造をインポートして、ドッキングパイプライン用のPDBQTに変換します。このブラウザツールはPDBQTのレイアウトで元素と電荷・タイプの列を追加し、素早く準備できます。
PDB入力
PDBテキストを貼り付けるか、ローカルのPDBファイルをアップロードするか、4文字のPDB IDを入力してください。
PDBQT出力
入力形式と出力形式
| 入力：PDB | 出力：PDBQT | |
|---|---|---|
| 正式名称 | PDB（Protein Data Bank形式） | PDBQT（AutoDock形式） |
| 含まれる情報 | 固定カラムの3D原子座標。タンパク質と低分子に使われます。 | PDB座標に部分電荷（Q）とAutoDock原子タイプ（T）を加え、リガンドではトーションデータも含みます。 |
| ファイル・形式 | .pdb | .pdbqt |
ドッキングワークフローに関する注意
- このツールは、ラピッドプロトタイピング用に実用的なPDBQTテキストをブラウザ上で直接作成します。
- 本番のドッキング計算では、お使いのドッキングソフトでプロトン化状態やトーションの定義をさらに調整できます。
- PDBQTの下書き構造を素早く用意したいときの、手軽な変換ユーティリティとしてこのページを使ってください。
PDBをPDBQTにオンラインで変換する方法
- PDBテキストを貼り付けるか、ローカルの.pdbファイルをアップロードするか、1CRNのような4文字のPDB IDを入力します。
- PDBQTに変換をクリックします。変換ツールはATOM/HETATMの座標を保持し、PDBQT形式の電荷とAutoDock原子タイプのフィールドを書き込みます。
- 生成された.pdbqtファイルをコピーまたはダウンロードして、ドッキングの準備、簡易チェック、教材の例に使います。
- 実際のドッキング計算の前に、ドッキングワークフローで水素、プロトン化、電荷、原子タイプ、柔軟な結合、受容体のクリーンアップを確認してください。
PDBとPDBQTの比較
PDBは構造生物学で広く使われる汎用の座標形式です。PDBQTはドッキング計算に必要な原子タイプと部分電荷の情報を持つため、AutoDock系のドッキングツールでよく使われます。
| 形式 | 格納される情報 | 主な用途 |
|---|---|---|
| PDB | 原子名、残基名、鎖、座標、占有率、B因子、元素記号。 | タンパク質構造、リガンド、結晶構造解析ファイル、可視化、構造生物学でのデータ交換。 |
| PDBQ | PDBと同様の座標に部分電荷の情報を加えたもの。 | 電荷は必要だが、AutoDock原子タイプをPDBQTのようには格納しない、古いドッキング準備のワークフロー。 |
| PDBQT | PDBと同様の座標に部分電荷とAutoDock原子タイプのフィールドを加えたもの。リガンドではトーションツリーのレコードを含むことがあります。 | AutoDock、AutoDock Vina、ドッキングパイプライン、リガンド・受容体の準備、ドッキングのチュートリアル。 |
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PDBQT形式の解説
PDBQTファイルはPDBファイルに似ていますが、ドッキングツールは各原子行の末尾付近にある追加フィールドを読み取ります。Qは部分電荷、TはAutoDock原子タイプを表します。
ATOM 1 N ALA A 1 11.104 13.207 9.142 1.00 20.00 -0.346 N ATOM 2 CA ALA A 1 12.560 13.320 9.420 1.00 20.00 0.186 C HETATM 3 O LIG L 1 10.440 11.980 8.500 1.00 20.00 -0.508 OA
原子タイプ
C、N、OA、SA、HD、Cl、ZnなどのAutoDock原子タイプは、スコアリングの際に各原子をどう解釈すべきかをドッキングソフトに伝えます。
電荷
PDBQTには部分電荷が格納されます。この簡易ブラウザ変換ツールは中性の仮の電荷フィールドを書き込むため、本番のドッキングでは専用の準備ツールで適切な電荷を割り当ててください。
トーション
柔軟なリガンドのPDBQTファイルには、回転可能結合とねじれの自由度を記述するROOT、BRANCH、ENDBRANCH、TORSDOFのレコードを含めることができます。
受容体とリガンドの違い
受容体のPDBQT準備では、主にクリーンアップ、水素、電荷、原子タイプが中心になります。リガンドのPDBQT準備では、さらに回転可能結合とトーションツリーの扱いが必要です。
AutoDock Vina用PDBQTチェックリスト
AutoDock、AutoDock Vina、または関連するドッキングワークフロー用にPDBQTファイルを準備するときは、このチェックリストを使ってください。
- PDBをクリーンアップ：必要な場合を除き、不要な水分子、重複した鎖、代替コンフォメーション、標的以外のリガンドを取り除きます。
- 水素を付加：ドッキングスコアは水素の配置、特に極性水素や水素結合ドナーの影響を受けやすいです。
- プロトン化を確認：アッセイのpHや生体条件で想定されるプロトン化状態を選びます。
- 電荷を割り当て：最終的なドッキングの前に、ドッキング準備のワークフローで現実的な部分電荷を割り当てます。
- 原子タイプを確認：金属、ハロゲン、硫黄、リン、荷電原子は、慎重な原子タイプ付けが必要になる場合があります。
- トーションを処理：リガンドのPDBQTファイルでは回転可能結合を正しく定義します。受容体ファイルは、柔軟な側鎖を別途準備しない限り通常は剛体として扱います。
- 出力を検証：長時間のバッチジョブを始める前に、ドッキングツールや可視化ツールでPDBQTを開いて確認します。
PDBQTからPDBへ：逆変換では何が起こる？
PDBQT PDB 変換のような検索は、たいてい表示用のシンプルな座標ファイルが欲しいという意味です。PDBQTファイルは、電荷、原子タイプ、トーションツリーのメタデータを取り除けば、多くの場合PDBと同様のATOM/HETATMレコードに戻せます。ただし、PDBではROOT、BRANCH、ENDBRANCH、TORSDOFといったAutoDock固有のレコードは保持できません。
よくある質問
PDBQTはPDBと同じですか？
いいえ。PDBは汎用の座標形式です。PDBQTは部分電荷とAutoDock原子タイプのフィールドを加えたドッキング用形式で、柔軟なリガンドではトーションツリーの情報を含むこともあります。
AutoDockやVinaにPDBQTが必要なのはなぜですか？
ドッキングプログラムは、スコアリングや相互作用の評価に原子タイプと電荷の情報を必要とします。PDBだけでは、通常ドッキングに必要な情報が足りません。
このツールは実際のGasteiger電荷を計算しますか？
いいえ。このページはブラウザ側で中性の電荷フィールドを持つ簡易的なPDBQT下書きを作成します。最終的な電荷の割り当てには、本格的なドッキング準備のワークフローを使ってください。
Protein Data Bankから直接インポートできますか？
はい。1CRNのような4文字のPDB IDを入力すると、ツールがRCSBからPDBファイルをインポートしてからPDBQTの下書きを生成します。
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