SMILES→InChI変換ツール
概要:データベースや論文発表で使える標準InChI識別子にSMILES文字列を変換します。無料でWebブラウザ上で動作し、インストールは不要です。
検索、インデックス作成、論文発表のために、SMILESを標準InChIに変換します。
ここにInChIが表示されます。
入力形式と出力形式
| 入力:SMILES | 出力:InChI | |
|---|---|---|
| 正式名称 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | InChI(IUPAC国際化学識別子) |
| 含まれる情報 | 原子、結合、環、電荷、立体化学を1行のテキストで表現。座標は含まない。 | 構造から作られる階層型のテキスト識別子。標準InChIはどのプログラムでも同じになります。 |
| ファイル・形式 | .smi またはプレーンテキスト | InChI=1S/ で始まる文字列 |
ファイル形式の解説
SMILESは分子の結合関係を表すコンパクトな線形表記です。描画ツール、検索ボックス、スクリプトで扱いやすい形式です。
InChIはIUPAC国際化学識別子(International Chemical Identifier)です。化学データベース間の交換、インデックス作成、比較のために設計された、階層構造をもつ標準化された識別子です。
編集可能な構造文字列が必要なときはSMILESを、特定のSMILES正規化方式に左右されにくい標準化された識別子が必要なときはInChIを使います。
例と出力の読み方
アスピリンのSMILES CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O は次のように変換されます:
InChI=1S/C9H8O4/c1-6(10)13-8-5-3-2-4-7(8)9(11)12/h2-5H,1H3,(H,11,12)
1S:バージョン1、標準InChI。C9H8O4:分子式レイヤー。/c…:結合関係レイヤー。InChI独自の原子番号を使います。/h…:水素の位置。かっこは、2つのカルボン酸酸素の間で共有される可動水素を示します。
同じ分子から常に同じInChIが得られる理由
アスピリンは、どの原子から書き始めるかによって何通りものSMILESで表せます。標準InChIは正規化されているため、どれからでも上と同一の文字列が得られます。そのためInChIは構造の比較や重複チェックに適しています。
FAQ
立体化学は含まれますか?はい。SMILESの@や@@はInChIの/t、/m、/sレイヤーになります。もっと短い識別子が必要ですか?SMILES→InChIKeyを使ってください。
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