SMILES→PDBQT変換ツール
概要：SMILES文字列を、分子ドッキングやAutoDock系のワークフロー向けにPDBQT形式へ変換します。無料でWebブラウザ上で動作し、ダウンロードは不要です。
2つのステップでSMILESをPDBQTに変換します。SMILESから3D PDBを生成し、その構造をドッキング用のPDBQTテキストに変換します。
準備完了。
入力形式と出力形式
| 入力：SMILES | 出力：PDBQT | |
|---|---|---|
| 正式名称 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT（AutoDock形式） |
| 含まれる情報 | 原子、結合、環、電荷、立体化学を1行のテキストで表現。座標は含まない。 | PDB座標に部分電荷（Q）とAutoDock原子タイプ（T）を加え、リガンドではトーションデータも含みます。 |
| ファイル・形式 | .smi またはプレーンテキスト | .pdbqt |
処理の流れ
- ステップ1：公開のSMILES変換エンドポイントに3D PDB座標を要求します。
- ステップ2：PDBの原子行を、原子タイプと電荷の列を持つPDBQT形式のレコードに書き換えます。
- この簡易変換ツールは下書き用です。必要に応じて、ドッキングソフトウェアでプロトン化とねじれの設定を調整してください。
ファイル形式の解説
SMILESは原子のつながりを表すコンパクトな文字列です。リガンドを手早く記述するには便利ですが、ドッキング用の原子タイプ、電荷、ねじれ、3D座標は含みません。
PDBQTはAutoDock系のドッキング形式です。PDBと同様の座標に部分電荷とAutoDockの原子タイプのフィールドを加えて保存し、リガンドのファイルにはROOT、BRANCH、ENDBRANCH、TORSDOFなどのねじれツリーのレコードが含まれることがあります。
この変換ツールはブラウザ上でPDBQTの下書きを作成します。本番のAutoDock Vinaドッキングでは、水素、プロトン化、電荷モデル、原子タイプ、回転可能な結合を確認してください。
最終更新：