PDB→SMILES変換ツール

概要：公開の化学リゾルバーを利用したベストエフォート方式で、PDB構造テキストをSMILESに変換します。無料でWebブラウザ上で動作し、インストールは不要です。

PDBテキストを貼り付け、ベストエフォート方式のリゾルバーでSMILESに変換します。大きなタンパク質の場合は、リガンドのみのPDBブロックを使ってください。

ファイル形式の解説

PDBは3D原子座標、残基名、鎖、占有率、B因子、元素のデータを格納します。タンパク質、リガンド、結晶構造、分子の可視化でよく使われます。

SMILESは分子を結合関係のコンパクトな1行テキストとして格納します。低分子やリガンドに最適で、タンパク質のような高分子全体には向きません。

最良の結果を得るには、リガンドのみのPDBブロックを変換してください。タンパク質のPDBファイルには多数の残基が含まれ、結合次数の情報も欠けていることが多いため、PDBからSMILESへの直接変換はあいまいになることがあります。

PDBのリガンドをSMILESに変換する

PDBファイルは原子座標を格納する形式で、主にX線結晶構造解析、NMR、クライオ電子顕微鏡で得られたタンパク質や核酸に使われます。低分子リガンドはHETATMレコードとして記録されます。この形式ではリガンドの結合次数が明示されていないことが多いため、座標からSMILES文字列への変換では原子間距離や残基テンプレートから結合を推定する必要があります。そのため結果はベストエフォートになります。

よい結果を得るために

1. リガンドだけを抽出します。タンパク質全体ではなく、リガンドのHETATM行（および関連するCONECT行）をコピーします。
2. 水分子（残基名HOH）や無関係なイオンを取り除きます。
3. 変換したら、SMILES→構造式で描画してSMILESを確認します。

よくある問題

• 水素の欠落：ほとんどの結晶構造では水素が省略されているため、結合次数や電荷の確認が必要な場合があります。
• 誤った結合次数：構造がゆがんでいると芳香環やカルボニルが誤って割り当てられることがあります。PDB Chemical Component Dictionaryのリガンドのエントリーと比較してください。
• 別配座（オルタネートコンフォメーション）：原子の重複を避けるため、1つだけ（例：altLoc A）残してください。

タンパク質そのものを表示するにはタンパク質ビューアを使ってください。