SMILESからMOL2への変換ツール
概要：SMILES文字列をMOL2形式に変換し、ドッキングや医薬品化学のワークフローに使えます。無料でWebブラウザ上で動作し、ダウンロードは不要です。
SMILES文字列をMOL2形式に変換し、ドッキングや解析パイプラインで使えるようにします。
ここにMOL2出力が表示されます。
入力形式と出力形式
| 入力：SMILES | 出力：MOL2 | |
|---|---|---|
| 正式名称 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2（Tripos Mol2） |
| 含まれる情報 | 原子、結合、環、電荷、立体化学を1行のテキストで表現。座標は含まない。 | 3D座標、結合、原子タイプ、部分電荷。 |
| ファイル・形式 | .smi またはプレーンテキスト | .mol2 |
ファイル形式の解説
SMILESは分子の結合関係を短い1行のテキストで保存します。識別子としては便利ですが、Triposの原子タイプや分子セクションは含みません。
MOL2はTripos Mol2形式です。原子、結合、部分構造、原子タイプ、座標、電荷を保存できるため、ドッキング、分子モデリング、医薬品化学のワークフローで役立ちます。
ドッキングやモデリングのツールがTriposの原子タイプや電荷フィールドを必要とする場合はMOL2を使います。本番のドッキングの前に、プロトン化状態、電荷、生成された座標を確認してください。
MOL2が必要な場合
MOL2は、ドッキング、バーチャルスクリーニング、分子力学でよく使われる入力形式です。座標に加えてSYBYL原子タイプと部分電荷を保存し、多くのモデリングプログラムがこれらを利用します。構造がテキストでしか手元にない場合、SMILES文字列をMOL2に変換するのはリガンドを準備する手軽な方法です。
使い方
- リガンドのSMILESを貼り付けます。例：イブプロフェン
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O。 - 変換して.mol2ファイルをダウンロードします。
- モデリングまたはドッキング用のソフトウェアで開きます。
ドッキングの前に
- プロトン化：標的とするpHでどの電荷状態が適切かを決めてください。イブプロフェンのようなカルボン酸は、pH 7.4ではほとんどが脱プロトン化しています。
- 立体化学：キラル中心はSMILESで@または@@を指定してください。指定しないと、生成される構造でどちらかが任意に選ばれることがあります。
- 構造：生成される3D座標は初期配座です。通常はモデリングソフトウェアでエネルギー最小化を行うことをおすすめします。
PDBQTが必要なドッキングプログラムにはSMILESからPDBQTへを、逆変換にはMOL2からSMILESへを使ってください。
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