SMILES→SDF変換ツール

概要：SMILES文字列を、スクリーニングやデータセットのワークフロー向けにSDF形式へ変換します。無料でWebブラウザ上で動作し、ダウンロードは不要です。

データセットやバーチャルスクリーニングのパイプライン向けに、SMILESをSDFに変換します。

ファイル形式の解説

SMILESは、分子の原子のつながりを表すコンパクトな文字列表現です。検索や交換には便利ですが、通常は豊富なメタデータを含みません。

SDFは、1つまたは多数の分子レコードを保存できる構造データファイル形式で、通常はMOL形式の原子/結合ブロックに任意の物性フィールドを加えたものです。スクリーニングライブラリ、化合物データセット、ケモインフォマティクスのパイプラインでよく使われます。

構造レコードと化合物の物性を一緒に扱えるファイルが必要なときはSDFを使います。一括で使う前に、立体化学と生成された座標を確認してください。

SDFを使う理由

SDF（structure-data file）は、1つ以上の構造を、それぞれMOLの結合表、任意の名前付きデータフィールド、$$$$区切りの順で保存します。ID、名前、アッセイ結果などの物性を各構造とともに受け渡せるため、ケモインフォマティクスツール、化合物登録システム、データベースの間で化合物セットを移す標準的な方法です。

使い方

1. SMILESを貼り付けます（例：パラセタモール CC(=O)NC1=CC=C(C=C1)O）。
2. 変換して.sdfファイルをダウンロードします。
3. 化学ソフトウェアで開くか、変換した複数のファイルを1つのライブラリにまとめます。

レコードの構成例

• ヘッダー行、続いて原子数と結合数を含むカウント行。
• 原子ブロック（座標と元素）と結合ブロック。
• M END、続いて> <NAME>のようなデータフィールドとその値。
• レコードを閉じる$$$$。

FAQ

SDFとMOLの違いは？MOLファイルは1つの構造を保持しますが、SDFはデータとともに多数の構造を保持できます。識別子に戻せますか？はい、SDF→InChIKeyやSDF→InChIで戻せます。