SMILES→3D構造変換ツール

概要：SMILESをインタラクティブな3D構造に変換します。無料でWebブラウザ上で動作し、ダウンロードは不要です。

SMILES文字列を貼り付けると、軽量な3Dmol.jsで3D構造を生成し、主要な画像形式や構造ファイル形式でダウンロードできます。

ファイル形式の解説

SMILESは、分子の結合関係を表すコンパクトなテキスト表記です。入力、検索、データベースでの利用には非常に優れていますが、最終的な3D配座を直接保存するものではありません。

SDF、XYZ、PDB、MOL、OBJ、X3Dなどの3D構造形式は、座標または描画可能な形状を保存します。SDFとPDBは化学の座標形式、XYZはシンプルな原子座標の表、OBJ/X3Dは可視化用の3Dモデル形式です。座標ファイルから推定した2D構造式に戻したい場合はXYZ / Gaussian→2D変換ツールを使ってください。中心原子まわりのVSEPR形状、結合角、混成を予測するにはVSEPR分子形状計算ツールを試してください。

生成された3D座標は、可視化や教育に役立ちます。ドッキング、量子化学計算、論文品質の構造に使う場合は、プロトン化状態、立体化学、配座の質、力場による最適化を確認してください。