Visualizzatore di proteine

In breve: carica un PDB per ID o da file, esamina le sequenze di amminoacidi, applica stili alle singole catene e alle regioni di sequenza selezionate. È gratuito, funziona nel browser e non richiede download.

Carica proteine per ID PDB o carica un file `.pdb`, esamina la sequenza di amminoacidi, applica stili alle singole catene e fai clic con il tasto destro sulle regioni di sequenza selezionate per cambiarne lo stile o nasconderle.

Esplorare una struttura proteica

La Protein Data Bank (PDB) raccoglie strutture 3D determinate sperimentalmente di proteine, acidi nucleici e loro complessi. Ogni voce ha un ID di quattro caratteri, ad esempio 1CRN per la crambina, una piccola proteina vegetale spesso usata negli esempi, o 4HHB per la deossiemoglobina umana.

Scegliere uno stile di visualizzazione

• Cartoon: mostra la struttura secondaria, con le eliche come nastri o spirali e i filamenti β come frecce. Ideale per vedere il ripiegamento complessivo.
• Bastoncini: mostra i singoli legami. Ideale per catene laterali, ligandi e siti attivi.
• Sfere: atomi a riempimento spaziale che mostrano forma e impaccamento.
• Linee: struttura a fil di ferro leggera, utile per strutture grandi.

Lavorare con catene e sequenze

Molte strutture contengono più catene, ad esempio le due catene α e le due catene β dell'emoglobina. Applica uno stile diverso a ogni catena per vedere come si impaccano. Selezionare un tratto della sequenza di amminoacidi e cambiarne lo stile è un modo rapido per evidenziare in una figura un'ansa di legame o un sito di mutazione.

Suggerimento: esporta in PNG per le diapositive, oppure in PDB/XYZ/OBJ quando ti servono le coordinate o una mesh in un altro programma. Per trasformare un ligando legato in SMILES, consulta da PDB a SMILES.