Convertisseur SMILES en PDBQT
En bref : convertissez un SMILES au format PDBQT pour le docking moléculaire et les workflows de type AutoDock. Il est gratuit, fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.
Convertissez un SMILES en PDBQT en deux étapes : génération d'un PDB 3D à partir du SMILES, puis transformation de la structure en texte PDBQT prêt pour le docking.
Formats d'entrée et de sortie
| Entrée : SMILES | Sortie : PDBQT | |
|---|---|---|
| Nom complet | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT (format AutoDock) |
| Contenu | Atomes, liaisons, cycles, charges et stéréochimie sur une seule ligne de texte. Pas de coordonnées. | Coordonnées PDB plus charges partielles (Q) et types d'atomes AutoDock (T), avec des données de torsion pour les ligands. |
| Fichier ou forme | .smi ou texte brut | .pdbqt |
Fonctionnement technique
- Étape 1 : l'outil demande des coordonnées PDB 3D à un service public de conversion de SMILES.
- Étape 2 : les lignes d'atomes PDB sont réécrites en enregistrements de type PDBQT avec colonnes de type d'atome et de charge.
- Utilisez ce convertisseur rapide pour des ébauches ; affinez si besoin la protonation et les torsions dans votre logiciel de docking.
Les formats de fichier expliqués
SMILES est une chaîne compacte décrivant la connectivité. Elle décrit rapidement un ligand, mais ne contient ni types d'atomes de docking, ni charges, ni torsions, ni coordonnées 3D.
PDBQT est un format de docking de type AutoDock. Il stocke des coordonnées de type PDB ainsi que des champs de charge partielle et de type d'atome AutoDock ; les fichiers de ligands peuvent contenir un arbre de torsions avec des enregistrements ROOT, BRANCH, ENDBRANCH et TORSDOF.
Ce convertisseur crée une ébauche de PDBQT dans le navigateur. Pour un docking AutoDock Vina en production, vérifiez les hydrogènes, la protonation, le modèle de charges, le typage des atomes et les liaisons rotatives.
Dernière mise à jour :