Convertisseur PDB en PDBQT en ligne
En bref : Collez du texte PDB, importez un fichier .pdb ou un identifiant PDB pour générer un brouillon PDBQT, avec des repères sur les types d'atomes AutoDock, les charges, les torsions et le format. C'est gratuit, cela fonctionne dans votre navigateur web et ne nécessite aucun téléchargement.
Collez une structure PDB, importez un fichier .pdb ou récupérez une structure par son identifiant dans la Protein Data Bank, puis convertissez-la en PDBQT pour vos pipelines de docking. Cet outil ajoute, dans le navigateur, les colonnes d'élément et de charge/type au format PDBQT pour une préparation rapide.
Entrée PDB
Collez du texte PDB, importez un fichier PDB local ou saisissez un identifiant PDB à 4 caractères.
Sortie PDBQT
Formats d'entrée et de sortie
| Entrée : PDB | Sortie : PDBQT | |
|---|---|---|
| Nom complet | PDB (format Protein Data Bank) | PDBQT (format AutoDock) |
| Contenu | Coordonnées atomiques 3D en colonnes fixes. Utilisé pour les protéines et les petites molécules. | Coordonnées PDB plus charges partielles (Q) et types d'atomes AutoDock (T), avec des données de torsion pour les ligands. |
| Fichier ou forme | .pdb | .pdbqt |
Remarques pour les workflows de docking
- Cet outil crée directement dans le navigateur une mise en page PDBQT exploitable pour du prototypage rapide.
- Pour des calculs de docking en production, vous pouvez affiner l'état de protonation et les définitions de torsion dans votre logiciel de docking.
- Utilisez cette page comme utilitaire de conversion rapide lorsque vous avez besoin d'un brouillon de structure PDBQT.
Comment convertir un PDB en PDBQT en ligne
- Collez du texte PDB, importez un fichier .pdb local ou saisissez un identifiant PDB à 4 caractères comme 1CRN.
- Cliquez sur Convertir en PDBQT. Le convertisseur conserve les coordonnées ATOM/HETATM et écrit les champs de charge et de type d'atome AutoDock au format PDBQT.
- Copiez ou téléchargez le fichier .pdbqt généré pour la préparation au docking, des vérifications rapides ou des exemples pédagogiques.
- Avant un vrai calcul de docking, vérifiez dans votre workflow les hydrogènes, la protonation, les charges, les types d'atomes, les liaisons flexibles et le nettoyage du récepteur.
PDB ou PDBQT
PDB est un format de coordonnées généraliste de la biologie structurale. PDBQT est couramment utilisé par les outils de docking de type AutoDock, car il contient le typage atomique et les charges partielles nécessaires aux calculs de docking.
| Format | Ce qu'il stocke | Usage courant |
|---|---|---|
| PDB | Noms d'atomes, noms de résidus, chaînes, coordonnées, occupation, facteur B et symboles des éléments. | Structures de protéines, ligands, fichiers de cristallographie, visualisation et échanges en biologie structurale. |
| PDBQ | Coordonnées de type PDB plus charges partielles. | Anciens workflows de préparation au docking où la charge est nécessaire mais où le type d'atome AutoDock n'est pas stocké comme dans PDBQT. |
| PDBQT | Coordonnées de type PDB plus champs de charge partielle et de type d'atome AutoDock. Les ligands peuvent contenir des enregistrements d'arbre de torsion. | AutoDock, AutoDock Vina, pipelines de docking, préparation de ligands/récepteurs et tutoriels de docking. |
Outils de docking et de structure associés
Le format PDBQT expliqué
Un fichier PDBQT ressemble à un fichier PDB, mais les outils de docking lisent des champs supplémentaires en fin de chaque ligne d'atome. La partie Q représente la charge partielle et la partie T le type d'atome AutoDock.
ATOM 1 N ALA A 1 11.104 13.207 9.142 1.00 20.00 -0.346 N ATOM 2 CA ALA A 1 12.560 13.320 9.420 1.00 20.00 0.186 C HETATM 3 O LIG L 1 10.440 11.980 8.500 1.00 20.00 -0.508 OA
Types d'atomes
Les types d'atomes AutoDock tels que C, N, OA, SA, HD, Cl et Zn indiquent au logiciel de docking comment interpréter chaque atome lors du calcul du score.
Charges
PDBQT stocke des charges partielles. Ce convertisseur rapide écrit un champ de charge neutre provisoire ; pour un docking en production, attribuez donc des charges appropriées avec un outil de préparation dédié.
Torsions
Les fichiers PDBQT de ligands flexibles peuvent contenir des enregistrements ROOT, BRANCH, ENDBRANCH et TORSDOF qui décrivent les liaisons rotatives et les degrés de liberté de torsion.
Récepteurs ou ligands
La préparation PDBQT d'un récepteur porte surtout sur le nettoyage, les hydrogènes, les charges et les types d'atomes. Celle d'un ligand exige en plus la gestion des liaisons rotatives et de l'arbre de torsion.
Check-list PDBQT pour AutoDock Vina
Utilisez cette check-list pour préparer des fichiers PDBQT destinés à AutoDock, AutoDock Vina ou à des workflows de docking associés.
- Nettoyer le PDB : supprimez les molécules d'eau inutiles, les chaînes dupliquées, les conformations alternatives et les ligands hors cible, sauf s'ils sont nécessaires.
- Ajouter les hydrogènes : les scores de docking sont sensibles au placement des hydrogènes, en particulier des hydrogènes polaires et des donneurs de liaisons hydrogène.
- Vérifier la protonation : choisissez l'état de protonation attendu au pH de votre essai ou dans les conditions biologiques.
- Attribuer les charges : utilisez un workflow de préparation au docking pour obtenir des charges partielles réalistes avant le docking final.
- Contrôler les types d'atomes : les métaux, halogènes, le soufre, le phosphore et les atomes chargés peuvent nécessiter un typage attentif.
- Gérer les torsions : les fichiers PDBQT de ligands doivent définir correctement les liaisons rotatives ; les fichiers de récepteurs sont généralement rigides, sauf si des chaînes latérales flexibles sont préparées séparément.
- Valider la sortie : ouvrez le PDBQT dans votre outil de docking ou de visualisation avant de lancer un long calcul par lots.
PDBQT en PDB : que se passe-t-il dans l'autre sens ?
Des recherches comme convertisseur PDBQT en PDB signifient généralement que l'utilisateur veut un simple fichier de coordonnées pour la visualisation. Un fichier PDBQT peut souvent être ramené à des enregistrements ATOM/HETATM de type PDB en supprimant les métadonnées de charge, de type d'atome et d'arbre de torsion. Le format PDB ne peut toutefois pas conserver les enregistrements propres à AutoDock comme ROOT, BRANCH, ENDBRANCH et TORSDOF.
Questions fréquentes
PDBQT est-il identique à PDB ?
Non. PDB est un format de coordonnées généraliste. PDBQT est un format de docking qui ajoute des champs de charge partielle et de type d'atome AutoDock, et peut contenir un arbre de torsion pour les ligands flexibles.
Pourquoi AutoDock et Vina ont-ils besoin du PDBQT ?
Les programmes de docking ont besoin des types d'atomes et des charges pour le calcul du score et l'évaluation des interactions. Un PDB seul ne contient généralement pas assez d'informations propres au docking.
Cet outil calcule-t-il de vraies charges de Gasteiger ?
Non. Cette page crée dans le navigateur un brouillon PDBQT rapide avec un champ de charge neutre. Utilisez un workflow complet de préparation au docking pour l'attribution finale des charges.
Puis-je importer directement depuis la Protein Data Bank ?
Oui. Saisissez un identifiant PDB à 4 caractères, comme 1CRN, et l'outil importe le fichier PDB depuis RCSB avant de générer le brouillon PDBQT.
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