Convertisseur SMILES en MOL2
En bref : convertissez des SMILES au format MOL2 pour le docking et la chimie médicinale. Il est gratuit, fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.
Convertissez des SMILES au format MOL2 pour le docking et la compatibilité avec vos chaînes de traitement.
Formats d'entrée et de sortie
| Entrée : SMILES | Sortie : MOL2 | |
|---|---|---|
| Nom complet | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | MOL2 (Tripos Mol2) |
| Contenu | Atomes, liaisons, cycles, charges et stéréochimie sur une seule ligne de texte. Pas de coordonnées. | Coordonnées 3D, liaisons, types d'atomes et charges partielles. |
| Fichier ou forme | .smi ou texte brut | .mol2 |
Les formats de fichier expliqués
SMILES stocke la connectivité d'une molécule sur une courte ligne de texte. Il est utile comme identifiant, mais ne contient ni typage d'atomes Tripos ni sections de molécule.
MOL2 est le format Tripos Mol2. Il peut stocker atomes, liaisons, sous-structures, types d'atomes, coordonnées et charges, ce qui le rend utile en docking, en modélisation moléculaire et en chimie médicinale.
Utilisez le MOL2 lorsqu'un outil de docking ou de modélisation attend des types d'atomes Tripos ou des champs de charge. Vérifiez la protonation, les charges et les coordonnées générées avant un docking en production.
Quand utiliser le MOL2
Le MOL2 est un format d'entrée courant pour le docking, le criblage virtuel et la mécanique moléculaire. Outre les coordonnées, il stocke les types d'atomes SYBYL et les charges partielles, sur lesquels s'appuient de nombreux logiciels de modélisation. Convertir un SMILES en MOL2 est un moyen rapide de préparer un ligand lorsque vous n'avez que sa structure sous forme de texte.
Mode d'emploi
- Collez le SMILES de votre ligand, par exemple l'ibuprofène
CC(C)CC1=CC=C(C=C1)C(C)C(=O)O. - Convertissez puis téléchargez le fichier .mol2.
- Ouvrez-le dans votre logiciel de modélisation ou de docking.
Avant le docking
- Protonation : déterminez l'état de charge pertinent au pH de votre cible. Un acide carboxylique comme l'ibuprofène est majoritairement déprotoné à pH 7,4.
- Stéréochimie : indiquez @ ou @@ dans le SMILES pour les centres stéréogènes ; sinon la géométrie générée peut en choisir un arbitrairement.
- Géométrie : les coordonnées 3D générées sont un conformère de départ ; une minimisation d'énergie dans votre logiciel de modélisation est généralement recommandée.
Pour les logiciels de docking qui exigent du PDBQT, voir SMILES en PDBQT. Pour la conversion inverse, utilisez MOL2 en SMILES.
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